“时彼世尊，入三摩地，名曰除灭一切众生苦恼。既入定已，于肉髻中出大光明，光中演说，大陀罗尼曰：“那谟薄伽筏帝，裨杀社窭噜，薛琉璃钵剌婆喝啰阇也，怛陀揭多耶，阿罗诃帝，三藐三勃陀耶。怛侄阤：唵，鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝娑诃””。尔时、光中说此咒已，大地震动，放大光明，一切众生病苦皆除，受安隐乐。

　　咒为方便之用，以定为其本体；故欲说咒，必先入定。如说首楞严咒等，皆先入首楞严等大定。三摩地、即三昧，此译为定，由此定中能发种种神通，种种陀罗尼。但译定者，顺中国之定义；若依义直译之，可作等持。等、谓不偏不倚，即将心力集中，四平八稳，保持不动，岂非定耶？故入三摩地，即是入定。唯三摩地乃定之总名，别名甚多：亦曰心一境性，即将心专注一境，使不流散，如是之心即为定。亦曰静虑，即禅那，以心极寂静而能审虑立名。亦曰三摩呬多，译等引，由等持引发深定心。亦曰三摩钵底，译等至，由心等持所至深境。如是诸名，皆为三摩地之别名。但定之功用，各各不同，今所入之定，名除灭一切众生苦恼，为其特别功用。定能引发种种妙用，故亦名功德林，亦名功德宝藏。若心在散位，则心为形役，心随境转，逐物浮沉；若心安定，专于一境，精诚所至，金石为开，则心能转物矣。然欲界凡夫，皆具散心；即上二界定力，亦为境量拘限；三乘贤圣展转胜进；唯佛定力，最极随心自在；此药师所以欲灭除众苦，即有灭除众苦之可能也。肉髻者，即佛顶隆然而起之髻相，为三十二相之一相，为佛福德圆满最尊相也。

　　既入定已，从此肉髻中放大光明，然后宣说陀罗尼咒。此显先由大愿起大悲，入大定，从大福聚中放大智光而说此咒。陀罗尼、此译总持，明于一句之中，总持无量功德。又译遮持，遮除一切病苦，保持一切康宁。其功德广大而不可思议，故言为大。一切咒语本不翻译，即四不翻中之秘密不翻。但今不妨略示且义。

　　那谟、译皈依，故敬礼；薄伽筏帝，即薄伽梵，世尊之义；郫杀社窭噜即药师；薛琉璃钵剌婆喝啰阇也，即琉璃；怛陀揭多耶、即如来；阿啰诃帝，译应；三藐三菩提耶、译正等觉；故连合之，即皈依世尊药师琉璃光如来应正等觉，或敬礼世尊药师琉璃光如来应正等觉。怛侄阤乃是即说咒曰之义。自唵至娑诃，方是大陀罗尼咒之正文。药师如来由大悲、大定、大智而说此咒．总持一切佛果功用，其义无穷，华严玄谈所谓“一字法门，海墨书而不尽”。盖此乃药师佛秘密符印，一心诵持，感得药师如来心心相印，即可获大妙用，如秘钥之能开功德宝藏；若无钥匙．虽有功德宝而无法取用之也。唵字、照中国陕西一带古音，应赞翁字音，其声较长。唵字总摄四智菩提，清净法界一切佛果无漏功德，扫尽一切染法，圆成一切白法；如唯识颂所谓：“此即无漏界，不思议善常，无漏解脱身，大牟尼名法”。咒、为总持，此唵字实为总持之总持，故一切经咒，皆冠以唵字。郫杀逝，郫杀逝，郫杀杜，皆药之义，如言：以衣衣之，或以药药之之药，作动词用。但郫杀逝、郫杀逝，即为药之，药之之义，是医治义；双言药之，含医治自病他病义。郫杀社，即药，为名词。以药治自病愈，复治众生病愈，故叠言以药之药之也。三没揭帝．即普度义。莎诃、为速疾成就义。综合其意，即祝以药普度一切众生痛苦之大愿，速得成就也。

　　药师如来未说咒前，彼琉璃世界众生，或犹有病苦可得；自说咒后，彼界大地震动，普现祥瑞，一切众生病苦皆除，安隐快乐。故自尔时至安隐乐，皆述其界当说咒时之得益也。