在净土宗，“自净其意”就是用念佛的方法，“诸恶莫作，众善奉行”通过净业三福、念佛为主是正行，持戒行善修各种功德为辅是助行。

　　而纯他力论本愿法门认为只要信了阿弥陀佛，以感恩心念几句佛号就可以了，持戒行善什么的统统都不必，反正交给阿弥陀佛了，他会把你拉去.继续为恶也没关系，而且如净土真宗创立者日本的亲鸾所说的，同样信弥陀，为恶的反是成佛正因，行善是杂毒，是对佛力不信任，难得往生。还说你念了弥陀，再去杀三千人也能往生。在这种思想下，日本佛教违背了佛陀“以戒为师的”的遗训，公然吃喝嫖赌，日益衰落。而其中的本愿派还成为日本侵华的帮凶，宣称杀中国人可往生。

　　净土宗虽有专修净土的提法,但对其他宗派是尊重的。而本愿法门(日本净土真宗)公然宣称要废除圣道门(其他一切法门甚至六度万行等正助共修法)。

　　由此可见，本愿法门与净土宗的关键区别是在于是否要持戒行善，是否要发菩提心的问题！本愿法门的流传在短期内可以吸引一些人来念佛有点好处，但从长远来看，由于人的惰性，这种偷懒的方法很容易就会一统江湖，其结果是整个佛教必然会失去根本的慈悲精神，而失去了“诸恶莫作，众善奉行”佛教也就名存实亡，只剩下一个空架子了。而且如果歪曲佛意，把弥陀的慈悲愿力误认成做恶的保护伞，那无疑将堕入阿鼻地狱，万劫不复！而且念佛必须发菩提心，菩提心即是“上求佛道，下化众生”要有真正往生的愿力，愿意到极乐世界成佛然后回来度化利益众生，否则临终时突然业力现前贪生怕死你这也放不下那也放不下，舍不得去，神识昏头转向，手忙脚乱，甚至到时佛号早都忘了，弥陀“恒顺众生”难道会把你强拉去不成。