当时，无明慧经禅师正在峨嵋山，大唱曹洞法门，学者奔凑。元来禅师听说之后，遂前往礼谒。刚到峨嵋，适逢慧经禅师正要下地劳作，荷锄戴笠，状如农夫，元来禅师对他的修为颇为怀疑，当即便离开了峨嵋山，来到福建光泽县的白云峰，卓庵隐修三年。在这期间，元来禅师写成《心经指南》，让人捎给慧经禅师。慧经禅师阅后，写信告诉他说，所著“非其第一义”。元来禅师羞愧万分，于是将其手稿付之一炬，然后向慧经禅师所在的方向，焚香遥拜，决心从此以后放弃文字知解，潜心宗门。于是他又独自继续呆在庵中，参究了半年，无有省发。

　　一日，元来禅师偶然翻阅《传灯录》。当他读到“赵州嘱僧曰：‘有佛处不得住，无佛处急走过’”这段文字时，恍然有省。于是元来禅师便重新前往峨嵋，参礼慧经禅师。当时慧经禅师已经移住宝方。

　　于是，元来禅师又赶到宝方。在宝方，元来禅师住了两个月。为了克期取证，元来禅师用功非常勤苦，虽面目黧黑，憔悴骨立，却仍然不肯歇息。

　　一日，慧经禅师应玉山庵之邀请，前往说法，元来禅师奉命同行。一路上，元来禅师谈及君臣五位之旨，慧经禅师听了，不时地称可。可是快要达到玉山庵的时候，慧经禅师忽然问元来禅师：“佛印大师云：‘蚁子解寻腥处走，青蝇偏向臭边飞’，是君位事，臣位事？”

　　元来禅师道：“臣位事。”

　　慧经禅师一听，便呵斥道：“大有人笑汝在！”

　　元来禅师茫然莫测其旨，心中迷闷不已。

　　到达玉山庵之后，元来禅师终日独坐于一小楼中，朝夕提撕，目不交睫。这样过了一年多。

　　一日，元来禅师上厕所，准备方便，碰巧看见有一个人正蹲在木板上。他当即豁然大悟，身心踊跃，喜不自胜，如千斤重担突然落地。

　　于是，他一路奔跑，往见慧经禅师。慧经禅师的居处，离宝方寺虽有五十里之遥，可是元来禅师却感觉到须臾即至。

　　刚进丈室，元来禅师便展礼大拜。

　　慧经禅师问道：“子近日如何？”

　　元来禅师道：“有个活路不许人知。”

　　慧经禅师道：“因甚不许人知？”

　　元来禅师道：“不知！不知！”

　　慧经禅师一听，非常高兴。于是令他充当首座和尚，并赠以付法偈。

　　当时，元来禅师才二十七岁。

　　元来禅师得法后不久，便前往鹅湖，从养庵广心禅师受菩萨戒律，后出世于博山能仁寺，大弘禅化，望风归学者数以千计。

　　元来禅师圆寂于崇祯三年（1630），春秋五十六岁。生前著有《宗教通说》、《参禅警语》等行世。