万历三十一年（1603），无明慧经禅师开法于董岩，门庭兴盛。元贤禅师于是以居士的身份前往参学。

　　初见慧经禅师，慧经禅师便对元贤禅师反复诘问，元贤禅师大呈口舌之能。

　　慧经禅师道：“此事不可以意解，须力参乃契。”

　　于是令他看干屎橛之话头。

　　“干屎橛”之话头在临济、德山、云门等大德的语录中曾多次出现过。如，有僧问云门文偃禅师：“如何何是佛？”文偃禅师道：“乾屎橛。”

　　元贤禅师虽奋力参研此公案，可是久无所入。

　　后来有一天晚上静坐的时候，元贤禅师无意中听见有一位僧人举南泉斩猫之公案（参见“赵州从谂禅师悟道因缘”章，终于恍然有所省悟。

　　万历四十五年（1617），元贤禅师已经四十岁，深感人世无常，生死事大，于是抛妻别子，投无明慧经禅师落发。

　　在慧经禅师座下，元贤禅师虽然勤奋好学，经常入室请益，可是每次凡有所咨问，慧经禅师一概不作正面应答，只是一句“我不如你”，便将他打发掉。对此，元贤禅师茫然莫测其旨。

　　一日，慧经禅师耕田归来。元贤禅师迎上前，问道：“如何是清净光明身？”

　　慧经禅师于是挺身而立。

　　元贤禅师继续问道：“只此，更别有？”

　　慧经禅师一听，便走。

　　元贤禅师终于如释重负，豁然大悟。

　　于是，他跟在慧经禅师的身后，来到丈室，向慧经禅师通报了自己的证悟所得。

　　慧经禅师听了元贤禅师的汇报，便用锄头柄痛击了他三下，说道“向后不得草草。”并示偈云：

　　“一回透入一回深，佛祖从来不许人。

　　直饶跨上金毛背，也教棒下自翻身。”

　　元贤禅师激动得示及吐一辞，便退出丈室。

　　第二年万历四十六年（1618），慧经禅师圆寂，元贤禅师前往博山受了具足戒，并在其师兄无异元来禅师座下相依了三年。

　　熹宗天启二年（1622），元贤禅师回到福建，住持沙县双髻峰。第二年，为安葬父母亲，元贤禅师准备回建阳。一日，乘舟过剑津的时候，元贤禅师无意间听到同行僧人大声唱经云——

　　“一时謦欬，俱共弹指，是二音声，遍至十方诸佛世界。”

　　元贤禅师终于廓然大彻。至此，他才契悟到无明慧经禅师平生之用处。那一年，元贤禅师四十六岁。

　　此后，元贤禅师曾一度挂锡于瓯宁金仙庵，阅藏三年。天启七年（1626），元贤禅师复移住建安之荷山，末后又驻锡于福州鼓山涌泉寺。

　　元贤禅师曾为座下弟子指出学道三要，三要是“第一要信得及，第二要放得下，第三要守得住”。信得及者，信我自己本来是佛。放得下者，放下许多虚名浮利，恩爱业缘，种种牵缠。守得坚者，坚守信心不失，坚守放得下，不担取，不执着。

　　对于入元以后宗门中盛行闭关之事，元贤禅师颇不以为然。他说：“余闻古之学道者，博参远访，陆沉（隐居、埋没）贱役，劳其筋骨，饿其体肤，百苦无不备尝，并未有晏坐一室，闭关守寂，以为学道者也。自入元始有闭关之说。然高峰闭死关于天目，乃是枕子落地后，非大事未明而画地以自限者也。入明乃有闭关学道之事。夫闭关道，其最初一念，乃是厌动趋寂者也。只此一念，便为入道之障。况关中既不受知识钳锤，又无师友策励，痴痴守著一句话头，如抱枯桩相似，日久月深，志渐靡，力渐疲，话头无味，疑情不起，忽然转生第二念了也。甚至身坐一室，百念纷飞者有之。又何贵于关哉？”

　　闭关之事，虽然未必尽如元贤禅师所说，但是，初学道者，未明心地之前，确当慎而用之，不可落入死灰。

　　元贤禅师圆寂于南明桂王永历十一年（1657）秋。平生撰有《法化私记》、《楞严翼解》、《楞严略疏》、《续灯录》等著作二十余种、共八十余卷行世。