《起信论》所提示的“心”是超越的真常心，此真常心是一切法的依止。由于生死流转及清净无漏的一切法都是依止于如来藏自性清净心，所以由如来藏自性清净心开出二门：一、生灭门，指生死流转的现象，有生有灭，刹那变化；二、真如门，即开出清净法界门。

　　所谓“心真如”，就是“心性”的“不生不灭”。从不生不灭义来说，就是真如义；从诸法理性说，一切法平等，超越言说、文字、心缘的境界，这是与唯识、中观的说法相一致的；但是，《起信论》把不生不灭的真如“法性”说成众生的“心性”，这是与唯识、中观不同的地方。所以，“真如”不再仅是一切法的法性理体，而且是蕴含着无边潜能的心性动力。所以，一切法的差别相、境界相、名字相、言说相、心缘相等等，都是由妄念而生起。妄念不是真心自己，是后天的、经验的、心理学的，由妄念而生的差别相本质上即是虚妄不实的。因为真如心是心与法性的不离统一，所以具有二义：

　　此真如者，依言说分别，有二种义。云何为二？一者、如实空，以能究竟显实故；二者、如实不空，以有自体具足无漏性功德故【《大乘起信论》，《大正藏》卷三二，576a。】。

　　《起信论》将真如理解为“空”与“不空”，是依《胜鬘经》的“空如来藏”和“不空如来藏”而来。“真如心”从真如法性方面说，是“如实空”，即空妄念而显一心之实；从“心”方面来说，是“如实不空”，指众生真如心中本具真常无漏功德的清净法。

　　《起信论》是彻底的唯心论，依众生心建立生死流转与解脱还灭，一切以心为本。在心真如门中，举真心为根本；心生灭门中，举生灭心--阿梨耶识为根本，展开现实人生万象。所以说：“心生灭者，依如来藏故有生灭心，所谓不生不灭与生灭和合，非一非异，名阿梨耶识。”【同上书，576b。】

　　这里的生灭心不但是从刹那生灭而说，而且是从缘起的流转与还灭而说。所以，心生灭为本的生灭门中，含摄有清净与杂染，随染与随净的两面。我们的真心其自性本来清净的（不生不灭），为什么又有染污法（生灭）呢？这完全是因为无明的插入，即所谓的“无明风动”。无明是无根的，亦没有一实体，它只是我们于忽然一念不觉时所呈现出来的一种昏觉相。所以，生灭心念不离真心，即是凭依真心而起，但其直接起因却是无明。真心只是其凭依因，并非其生起因。心念凭依真心而起，即示不但净法统于心，即一切染法亦统于一心。只是染法是“间接地统”，净法是“直接地统”，所谓称性功德也。称性即相应心性而起之功德。“间接地统”只是凭依义，虽不离，而实不相应【牟宗三：《心体与性体》（上册），500～501页。】。所以，称为“不生不灭与生灭和合，非一非异”。

　　《起信论》对于心生灭门之种种相状所进行的“实存的现象学分析”，决不能视如日常心理活动事实的一种纯客观性观察与记述，而是有意唤起众生的心性，使其能从生死流转的非本然性状态（不觉）实存地自我觉醒（始觉）之后，复归本然心源（本觉）的一种诱导或启蒙工作。在这过程中，起着贯穿与统一作用的是阿梨耶识，所以阿梨耶识便具有“觉”与“不觉”二义。这是从阿梨耶识所凭依之心真如体而言觉，从由于无明而起生灭心念而说不觉。所以，《起信论》说：“依本觉故而有不觉，依不觉故说有始觉”【《大乘起信论》，《大正藏》卷三二，576b。】。始觉是说明从生死到成佛、从迷到悟而说的次第。本觉与始觉，相依相待而有；依于当下显得本觉的不觉（说到不觉，即意味着觉性的本在），到转去不觉而显现真觉，即名此觉为始觉。始觉在本质的意义上同于本觉，只差有圆满不圆满、究竟不究竟而已。及其究极圆满，完全离念，直至心源，洞悟“生”之无生，那便是本觉全体朗现，即心真如体全体朗现。所以，《起信论》“一心二门”思维模式的展开，首先从本体论上确立“一心”为大乘法体，“一心”有二个属性--心真如和心生灭，两者不相舍离，统一中有矛盾，而矛盾中又有统一。真如心一方面显示了“如实空”的特点，从本以来不与染法相应，另一方面显示了自性具足无边清净功德，二者表现了超越真心之肯定，而且是本有、真实、呈现。生灭心是不离真如而现，所以含摄有“本觉性”--开展清净解脱的根据，和“不觉性”--开展杂染生死一切事象的本源。因此，理体与事相，理想与现实，杂染与清净都统一于“一心”中。

　　“一心二门”的思维模式表现出了“不二”与“二”的“吊诡”--“不二而二，又同又异”。“一心”正因原本不二，开出“二门”，即心真如门与心生灭门；依究竟不二的如来平等法身而有“本觉”之名，依此随即产生觉与不觉之分；心真如原本不二，依此而有离言真如与依言真如之分；依言真如原亦假名，但又许有如实空与如实不空之分；即使心生灭门也是如此，分别净法熏习与染法熏习，如此说明染净相资的现象。正因为这种“不二而二”的思维模式，所以觉与不觉的同异二相究竟平等不二，所以现实界所呈现的种种差别，都是本然实存心源的表现，后来天台的“一色一香，无非中道”、华严的“事事无碍”、禅宗的“砍柴搬水，无非妙道”都与这种“一即一切，一切即一”的宗旨相契合。

　　这种创造性的思维模式在中国哲学中具有重要意义，不但深深影响了后来的中国佛教，而且经过儒佛道三家的冲突与融合，通过禅宗与华严宗的传载，在本体论、心性论方面对宋代理学产生了深刻的影响。