八思巴之后，到大元罗哲坚赞（１３３２-１３６４年），又有七任（或云九任）萨迦寺座主。在此期间，元朝为加强西藏地方行政建设及管理，于萨迦设置西藏地方三路十三万户长官“本钦”，通称“萨迦本钦”。首任本钦释迦桑布由八思巴提名举荐，经元世祖忽必烈批准任命，后成定制。从释迦桑布至旺宗，历２０任本钦，萨迦派在西藏实行政教合一统治凡９１年。元朝中期以后，萨迦派随着蒙古皇室统治力量的衰落，在西藏的声望地位低落下来，元末被新兴起的帕竹地方政权取而代之。公元１４世纪初，出身于萨迦昆氏家族的大元帝师衮噶罗哲坚赞（公元１２９９-１３２７年）把萨迦寺分为希脱、仁钦岗、拉康、丁却四个拉章，分给四兄弟，萨迦派遂由统一施政而分裂。希脱、仁钦岗、拉康三拉章传数代后绝嗣。丁却拉章后又分为上下两院，下院的后裔晓仲在清康熙年间因与藏王拉藏汗不和，逃来青海，后裔亦断绝。唯上院的血统不断，沿袭萨迦法王，直到公元２０世纪５０年代西藏民主改革前。

萨迦肖除血统传承外，尚有法统传承。法统传承的绍继者，在显宗方面主要有雅周·桑杰伯和绒敦·麻维僧格，称“雅、绒二师”；在密宗方面主要有俄巴·衮噶桑布和宗巴·衮噶南杰，称“俄、宗二师”。雅、绒二师中的雅周·桑杰件学经于萨迦寺和泽当寺，晚年常住萨迦寺，讲经授秆。绒敦·麻维也纳僧格（公元1367-1449年），是雅周·桑杰位的弟子，出生于今四川省金川地方的一个本教徒家庭，18岁入藏，于桑浦寺学习显宗经典，27岁起师事雅周，系统学习萨迦派的显崇教义和各种佛事仪轨，也曾向明朝封为大乘法王的贡噶扎西（明史作昆泽思巴）学习过萨迦派密法。明宣德十年（公元1435年），他在西藏拉萨北部的彭域地方建成那兰托寺，正统十四年（公元1435年），他在西藏拉萨北部的彭域地方建成，正统十四年（公元1449年），又在今锡金境内建成结蔡寺，以后又从这里发展出5个支寺。这些寺院都按照萨迦派的规矩讲授经论，是晚期萨迦派的重要讲经寺院，绒敦著有《量决定论疏》等，以讲授《现观庄严论》、《般若经》等显宗经论著称，有不少弟子，其中许多人后来改信了格鲁派，密宗方面的俄、宗二师系统，均传自八思巴的侄孙喇嘛丹巴索南坚赞。其中，俄巴·衮噶桑布（公元1382-1456年），萨迦人，曾任萨迦寺堪布。明宣德四年（公元1429年），他在后藏那塘寺和丰鲁寺之间仿南的俄尔地方创建艾旺却丹寺，后来通称俄尔寺，是西藏传播萨迦派密法的重要场所，在青海有许多属寺，较有影响；宗巴·衮噶南杰（公元1432-1496年），亦称“图敦”，明天顺八年（公元1464年），他于前藏贡噶宗境内创建多吉丹寺，后来通称贡噶寺，这是萨迦派晚期在前藏传播密法的重要场所。除上述显密专教法方面军的主要绍继者外，公元14世纪后半叶，萨迦派晚期在显密方面还有过一些出名人物，其中以仁达瓦最著名。仁达瓦，法名循奴罗哲（公元13349-1412年），后藏萨迦和拉孜二地交界地带的仁达地方人，他博通显密，在西藏佛教史上是介于布顿·仁钦珠和宗喀巴大师之间的一位重要人物。他苦心钻研中观学说，对月称的《入中论》、《中论明句论》等研习颇深，写有不少著作和注疏，由于他的努力，中观学派的哲学思想在西藏再次弘传，并在佛教界居于重要地位。他又是宗喀巴大师在显宗方面的主要师长之一，对后来格鲁派的形成有过重要影响。萨迦派在密宗方面后来有影响的人物学有擦尔钦·罗赛嘉措（公元1494-1566年），他先在扎什伦布寺为僧，后业改学俄、宗二师及其它上师所传萨迦派密法，是萨迦派密法的集大成者，在公元16世纪的西藏宗都办颇有声名，相传三世达赖和五世达赖喇嘛都向他或他的后辈学习过萨迦派密法。擦尔钦·罗赛嘉措常住萨迦以西、拉孜以南茫喀地方的图丹根培寺，从学弟子众多，形成一个传承，称为萨迦派的擦尔去派。

萨迦派的教义中，最主要的是道貌岸然果教授，也叫道果法，以修欢喜金刚二次第道及共支分为主要内容，系由龙树传出。但学者们的解释多有分歧，龙树一派对此摄为“最初舍非福，中断于我执，后除一切见，知此为智者”，是对道貌岸然与果的基本概括。这种见解，虽称萨迦派的不共法，但仍建立在显密两种次第的关系上，与其它各派的教授大体相似。在见修方面，萨迦派诸师多不一致，如萨班、绒敦等很多人持中观自续派见解，后来转成觉囊派的他空见；也有的持大圆满见解。萨迦派的法门，有所谓不越寺墙的十三金法，包括空行三类、大红三类、小红三类、长寿金刚天女、戏财神、狮面母和黑文殊等修法。上外，尚有属于新法的金刚灌顶、修法海论、龙树所传集密、佛智所传集密、时轮金刚、喜金刚四教敕、胜乐金刚卢那直三法、红黑畏怖三种阎曼德迦等修法；属于旧法的有清净父法和金刚橛修法等。护法类主要有帐明王、四面明王、尸林主白则、金刚橛护法等。

萨迦派兴盛时，广泛传播到卫藏康区、安多等广大藏区以及蒙古和汉族地区，建有不少寺院，最著名的有西藏的萨迦 寺和康区的更庆寺。萨迦寺位于今后藏萨迦县仲曲河岸，为该派主寺，原由位于仲曲河南北的二寺组成。北寺即昆·贡却杰布所建，由此形成萨迦派，已毁。南寺始建于元世祖至元六年（公元1269年），由萨迦本钦释迦桑布奉八思巴旨意仿西藏吉热寺式样而建，据载寺墙高厚，东西长约166米，南北宽100米，四角置碉堡，四面有门楼，寺周有人工河围绕。现仅存主殿，名拉康钦莫，共3尼，高11米多，面积5500平方米，有40根粗大的贺柱，殿墙绘有各种壁画，反映当年建寺经过以及绘有萨迦派历代祖师、高僧图像和一些佛教故事，密宗坛城等的画面。殿内供奉着该派主要佛像，存有玉钟、玉板以及中国历代王朝所赐瓷器、法衣、盔甲等文物。殿后为藏经库，藏有四万多卷经籍和一部分贝叶经。其中一万多部经典是领先思巴时期用金、银、朱砂叶和墨汁清工写成的。正殿中还收藏有数以百计的画卷，记载着萨迦发展的历史，为西藏珍贵的古代艺术品。因该寺藏有丰富的经书和画卷，故有“中国第二敦煌”之称。更庆寺，亦称“伦珠顶寺”和“德格大寺”，为萨迦派在康区的主寺，在今四川德格县城，始建于正统年间，历来由德格土司的长子任寺主，掌管教权，为土司家庙之一。公元1958年宗教制度民主改革前，有寺僧630多人，下辖德格龚垭、嘎冷、银南、温根、门扎、柯洛洞诸寺及西藏江达燃灯寺。该寺初创于清雍正七年（公元1729年）的印经院，通称“蒙古族文化宝库”，印经院共藏有各类经版23万多块，其中各类佛教经典100部，经版15000块；医学、天文、历算、文学、艺、历史、语法及综合类藏书737曾，经版近22万块；各种佛像画版150多块。不少珍本、孤本尤为为世人瞩目。该院所印清代刻所印经书不仅流行国内广大藏区，而且远销印度、日本、尼泊尔、东南亚和欧美各国，对保存和传播藏传佛文化起过和继续起着重要作用，被国务院确定为全国重点文物保护单位。