“廓矣大像，理玄无名，体神入化，落影离形。
　　回晖层岩，凝映虚亭。在阴不昧，处暗逾明。
　　婉步蝉蜕，朝宗百灵。应不同方，迹绝杳冥。

　　茫茫荒宇，靡劝靡奖。淡虚写容，拂空传像。
　　相具体微，冲姿自朗。白毫吐曜，昏夜中爽。
　　感彻乃应，扣诚发响。留音停岫，津悟冥赏。
　　抚之有会，功弗由曩。

　　施踵忘敬，罔虑罔识。三光掩映，万像一色。
　　庭宇幽蔼，归途莫测。悟之以靖，开之以力。
　　慧风虽遐，维尘攸息。匪圣玄览，孰扇其极？

　　希音远流，乃眷东顾。欣风慕道，仰规玄度。
　　妙尽毫端，远微轻秦。托彩虚凝，殆映霄雾。
　　迹以像真，理深其趋。奇兴开衿，祥风引路。
　　清气回轩，昏交未曙。仿佛神容，依稀钦遇。

　　铭之图之，曷营曷求。神之听之，鉴尔所修。
　　庶兹尘轨，映彼玄流。漱情灵沼，饮和至柔。
　　照虚应简，智落乃周。深怀冥托，宥想神游。
　　毕命一对，长谢百忧。”

　　慧远还与慧永、刘遗民、周续之(此二人原是玄学家)、雷次宗(386-448年)、宗炳(375-443年)、毕颖之、张野、张诠等学者居士一百二十三人于东林寺阿弥陀佛像前，“建斋立誓，共期西方”。这一故事，唐中叶后演化为十八高贤结白莲社的传说。慧远大力提倡净土法门，后世尊其为莲宗始祖，尊东林寺为净土宗祖庭。当时名僧多聚居庐山，四方清信之士，亦多望风来集。
　　东晋重臣桓玄(369-404年)，安帝时(397-401年)为江州刺史，都督江州、荆州等八州军事，威震一时。他与慧远有过交往，深慕其为人，曾致书劝其罢道从政，为慧远所谢绝。元兴元年(402)，桓玄自长江上游的江陵起兵，攻入建康(今江苏南京)。元兴三年(404)，桓玄废晋安帝，自立为皇帝，国号楚。他取得政权后，下令甄别僧侣，加以裁汰，独尊“庐山为道德所居，不在搜简之例”。导致庐山成了当时南方唯一的佛教圣地。
　　桓玄又欲令沙门一律对王者跪拜敬礼，先写信给慧远，征求意见。慧远坚决反对，除回信提出异议外，又撰写了《沙门不敬王者论》五篇——“一曰《在家》，谓在家奉法，则是顺化之民。情未变俗，迹同方内，故有天属(指有血缘关系的直系亲属，如父子、兄弟、姐妹等)之爱，奉主之礼。礼敬有本，遂因之以成教。二曰《出家》，谓出家者，能遁世以求其志，变俗以达其道。变俗则服章不得与世典同礼，遁世则宜高尚其迹。夫然者，故能拯溺俗于沉流，拔玄根(玄妙之根性)于重劫。远通三乘之津，近开人天之路。如今一夫全德，则道洽六亲，泽流天下，虽不处王侯之位，固已协契皇极(帝王统治的准则)，在宥生民矣(对天下百姓实行无为而治，使其自然发展)。是故内乖天属之重，而不违其孝；外阙奉主之恭，而不失其敬也。三曰《求宗不顺化》，谓返本求宗者，不以生累其神；超落尘封者，不以情累其生。不以情累其生，则生可灭；不以生累其神，则神可冥。冥神绝境，故谓之泥洹(涅槃)。故沙门虽抗礼万乘，高尚其事，不爵王侯，而沾其惠者也。四曰《体极不兼应》，谓如来之与周孔，发致虽殊，潜相影响；出处咸异，终期必同。故虽曰道殊，所归一也。不兼应者，物不能兼受也。五曰《形尽神不灭》，谓神识驰鹜，随行东西也。”(引自梁·慧皎撰《高僧传·慧远传》)
　　桓玄读了慧远的复信及《沙门不敬王者论》后，终于感悟，放弃了自己的主张。这场论战，在中国佛教史上留下了深远的影响。而我们也可以从中看出慧远辩驳技巧之高。
　　慧远的著作很多，据《高僧传·慧远传》所载，计十卷，五十余篇，今多散失。现存主要著作有《沙门不敬王者论》、《明报应论》、《三报论》、《与隐士刘遗民等书》等。这几篇重要论文，主要收集在梁·僧祐(445-518年)所编辑的《弘明集》以及唐·道宣(596-667年)所编辑之《广弘明集》中。
　　慧远从道安受学，长于般若，其思想属于般若学的本无派。早在荆州时，他就根据师义破斥道恒所执之“心无”说。道安运用三国时代魏国玄学家王弼(226-249年)的“贵无说”来宣扬般若学，说：“无在元化之先，空为众形之始，故谓本无。”(见《名僧传·昙济传》。实际上，《船若经》的根本原理就是“空”)所以被称为“本无派”。慧远继承和发挥了道安的佛学思想，提出了法性不变论，又着重发挥了“三世报应”和“灵魂不灭”的理论。
　　慧远说：“至极以不变为性，得性以体极为宗。”(见《高僧传·慧远传》)至极，指最后的宗极，这里指摆脱生死轮回的涅槃境界，又称为佛性。体极，指体认、证悟法性而进入涅槃境界。这句话的意思是：佛性(至极)是不变的，永恒的，要得到这种涅槃境界(得性)，必须超出世俗的见解和脱离世俗的生活去体认佛性，以它为根本。
　　当时，《大般涅槃经》尚未译出(昙无谶译出《大般涅槃经》是在慧远圆寂五年后的421年)，“涅槃常住”的教义还没有传入我国。被誉为中国佛经翻译事业的两大巨匠之一的鸠摩罗什(344-413年)读罢慧远宣扬“至极以不变为性，得性以体极为宗”的《法性论》后，赞叹道：“边国人未有经，便暗与理合，岂不妙哉！”慧远对于佛教视为宗极的涅槃，理解为“生绝神冥，形尽神存”的境界。所谓“神”，即是精极为灵，不能定其形状，穷其幽致，因此也不可能用语言来表达。
　　慧远在《三报论》和《明报应论》中，发挥了佛教“因果报应”的人生观点。他认为，众生所遭受的一切不幸的恶果，都是起因于无明和贪爱。即是说，每个人遭遇的恶果，都是自作自受，没有什么外在的主宰者。他把因果报应分成现报(现世受报)、生报(来生受报，比如说，现在的善人受了恶报，现在的恶人受了善报；是因为现在的善人前生是恶人，现在的恶人前生是善人)、后报(二生、三生以至百生、千生才受到报应)。一世为一轮回，所以又称为三世轮回。要摆脱三世轮回，惟有皈依佛教，去掉无明和贪爱，进入离苦得乐的涅槃世界。慧远以罪福报应导俗和以禅观念佛入真的见解，对后世的影响十分深远。
　　在形神观上，慧远主张“灵魂不灭”论。他认为灵魂能推动万物的变化，万物可以消灭，而灵魂却不会消灭。他在《沙门不敬王者论》中说：“神也者，圆应无生，妙尽无名，感物而动，假数而行。感物而非物，故物化而不灭；假数而非数，故数尽而不穷。”这就是说，灵魂是无生的，妙尽无名的；但它能感应一切生物，使之发生变化。当人的肉体死亡后，灵魂仍然存在。既然灵魂不灭，那么，它是如何从前生的肉体转移到后生的肉体中去的呢？慧远认为，就象火传薪一样，“火之传于薪，犹神之传于形；火之传异薪，犹神之传异形。”人生由化而有，形和神虽各殊，而相与为化则浑为一体；然形不过是躯壳，而神却有暗中转移的作用。犹如薪不断烧化，成为灰烬，而火则从此薪传到彼薪一样。
　　把形神关系比作烛火之喻，原是东汉初期的著名学者桓谭(前23-50年)最先发明的。他用烛火之喻来说明形亡神灭的观点：“精神居形体，犹火之燃烛也；烛无，火亦不能独行于虚空。”但他的论点，在理论上不够完善。慧远同样用薪火之喻来论证形亡神不灭的命题，在理论上却是无懈可击的，恰好弥补了桓谭在逻辑推理方面的缺陷。这和犊子部执胜义我为不可说法，虽执受五蕴而又有解脱可能之义很相近，显然是受了僧伽提婆在庐山译讲《三法度论》的影响。
　　晋代佛教，尤其是东晋佛教，已经摆脱了汉魏佛教那种对黄老道术和神仙方术的依附，开始走上了具有中国特色的发展道路。这个时期所翻译的佛经的数量，较前大增。佛教的大乘、小乘、空宗、有宗等各个不同体系的经典，几乎都在此时相继译出。这就为佛教进行理论上的研究，提供了较为充分的文献资料，同时也给中国传统文化带来了新的因素。慧远不通梵文，不能从事翻译工作，但他对当时的翻经大德十分敬重。隆安五年(401)，鸠摩罗什到了长安(今陕西西安)，慧远即派遣弟子昙邕向他致书问候。此后十余年间，又经常用书信方式向鸠摩罗什请教经典和大乘教义，对鸠摩罗什的译经事业，作了很高的评价。义熙七年(411)，我国最早的《华严经》翻译者佛驮跋陀罗(359-429年，意译“觉贤”)与徒众慧观等四十余人由长安南下到了庐山，受到慧远的热情接待，并请他译出了修禅的专著——《修行方便禅经》二卷。当慧远了解到佛驮跋陀罗是由于误会被驱逐出长安后，就写信给后秦皇帝姚兴(366-416年)和长安僧众，为之解释并要求取消了判他为犯戒的处分，使所传之学继续在南方弘播，不受影响。由是中观、戒律、禅、教诸典及关中胜义，都仗慧远的热心护持而流传南方。
　　慧远是使佛教中国化的一个重要人物，在历史上有很大影响。他强调因果报应，追求以此世缘结来世果，着眼于来世的幸福，而这来世不过是此世的延续，其精神是入世的。这是他对宣扬出世精神的佛教理论的发展。他的这套理论，不仅成为中国佛教的重要内容，在民俗信仰中也影响深远。
　　慧远富有文学才能，是比较自觉地提倡以文学形式宣传佛教的人。在《与隐士刘遗民等书》中，他说：“若染翰缀文，可托兴于此。虽言生于不足，然非言无以畅一诣之感。因骥之喻，亦何必远寄古人？”在《念佛三昧诗集·序》中，他指出其所选的念佛“篇翰”，非徒“文咏”，“鉴明则内照交映而万象生焉，非耳目之所及而闻见行焉，于是睹夫渊凝虚境之体，则悟灵相湛一，清明自然”。把文章与悟解合一，在文论上是个新见解。其所作《庐山记》七百余言，是一篇描写山水的优秀散文，也是我国最早描绘庐山风光的作品之一。他还写有《庐山东林杂诗》。
　　“崇岩吐清气，幽岫栖神迹。希声奏群籁，响出山溜滴。有客独冥游，浑然忘所适。挥手抚云门，灵关安足群。流心叩玄扃，感至理弗隔。孰是腾九霄，不奋冲天翮。妙同趣自均，一悟超三益。”(见《先秦汉魏晋南北朝诗·晋诗》卷二十)
　　不过，史学界有人认为，《庐山记》和《庐山东林杂诗》不象是慧远的作品，而是道教徒的伪作，因有明显的道教徒口气。
　　慧远对于佛教事业，认真实干。《世说新语·规箴篇》说他“虽走，讲论不辍“。其弟子有不求上进的，慧远便启发他们，说：我是桑榆晚影，落日之光，照不了多远了；你们却应当象初升的太阳，随时准备发出光明。他不顾年高体衰，“执经登座，讽诵朗畅，词色甚苦”。一座弟子，无不为之感动，“肃然增敬”。
　　义熙十二年(416)八月六日(阴历)，八十三岁高龄的慧远在东林寺圆寂，结束了他辛勤弘法的一生。据《高僧传·慧远传》记载：临寂前，“大德耆年，皆稽颡(以额触地)请饮豉酒(用豆豉浸成的药酒)”，慧远因戒律不许而拒绝。又请饮米汁，他因过午不食仍拒绝。再请饮以蜜和水之浆，他乃命人查律典，看是否可饮？“卷未半而终……门徒号恸，若丧考妣；道俗奔赴，踵继肩随。”
　　浔阳太守阮侃，在庐山西岭为慧远凿圹开冢安葬，慧远的弟子，我国山水诗派的创始人谢灵运(385-433年)撰写了《庐山慧远法师诔》，并勒碑刻石。唐代大诗人孟浩然(689-740年)在其名作《晚泊浔阳望庐山》中写道：
　　“挂席几千里，名山都未逢。
　　泊舟浔阳郭，始见香炉峰。
　　尝读远公传，永怀尘外踪。
　　东林僧舍近，日暮但闻钟。”
　　表达了对慧远的深深敬慕！