进入氏族社会以后，随着生产力水平的提高，房屋建筑也开始出现。但是在环境适宜的地区，穴居依然是当地氏族部落主要的居住方式，只不过人工洞穴取代了天然洞穴，且形式日渐多样，更加适合人类的活动。例如在黄河流域有广阔而丰厚的黄土层，土质均匀，含有石灰质，有壁立不易倒塌的特点，便于挖作洞穴。因此原始社会晚期，竖穴上覆盖草顶的穴居成为这一区域氏族部落广泛采用的一种居住方式。同时，在黄土沟壁上开挖横穴而成的窑洞式住宅，也在山西、甘肃、宁夏等地广泛出现。其平面多为圆形，和一般竖穴式穴居并无差别。山西还发现了“低坑式”窑洞遗址，即先在地面上挖出下沉式天井院，再在院壁上横向挖出窑洞，这是至今在河南等地仍被使用的一种窑洞。

我国古代文献曾有记载有巢居的传说，如《韩非子· 五蠹》：“上古之世，人民少而禽兽众，人民不胜禽兽虫蛇，有圣人作，构木为巢，以避群害。”《孟子·滕文公》：“下者为巢，上者为营窟”。

与北方的穴居方式不同，南方湿热多雨的气候特点和多山密林的自然地理条件自然孕育出云贵、百越等南方民族“构木为巢”的居住模式。此时原始人尚未对这种“木构”建造有明确的意识，或许是随钻木取火，劈砸石器等无意识条件反射而诞生的一种社会行为。《礼记》载，“昔者先王未有宫室，冬则居营窟，夏则居缯巢"，可见“巢者与穴居”也非因地域而截然分开。

巢居在适应南方气候环境特点上有显而易见的优势：远离湿地，远离虫蛇野兽侵袭，有利于通风散热，便于就地取材就地建造等。“巢居”是我们祖先在适应环境上的又一创造。

南方较潮湿地区，“巢居”已演进为初期的干阑式建筑。如长江下游河姆渡遗址中就发现了许多干阑建筑构件，甚至有较为精细的卯、启口等。

在母系氏族社会晚期的新石器时代，在仰韶、半坡、姜寨、河姆渡等考古发掘中均有居住遗址的发现。北方仰韶文化遗址多半为半地穴式，但后期的建筑已进展到地面建筑，并已有了分隔成几个房间的房屋。其总体布局有序, 颇能反映出母系氏族社会的聚落特色。

农耕社会的到来，引导人们走出洞穴、丛林。人们开始用劳动创造生活、掌握自己的命运了，同时也开始了人工营造屋室的新阶段。真正意义上的“建筑”诞生了。