这其中的原因，一方面是因实验材料或是所观察的对象的局限性而引起的。比如著名的心理学家弗洛伊德建立的精神分析学说，主要是通过对那些具有精神病患者的心理观察分析和治疗案例而建立起来的，由于观察对象的局限性，所以后来的心理学家认为他的这种学说存在着很多缺陷。

再者就是仪器的误差和不完善，科学家他们自己对这些仪器也不可能有百分之百的把握，因为仪器总是有一定的精密度和观察范围，它不可能是精确到百分之百，观察范围与观察能力也是极为有限的，因此科学家们观察到的事物只能是在与观察仪器的精确度和观察范围相适应的某一个层次上。比如光学望远镜不能观测到射电望远镜所发现的很多天体，同样的射电望远镜也不能观测到超过它能力范围之外的宇宙。

最后是由于不同的假设或公理体系也会导致不同的结果，以往的模式或理论也并不是最究竟的，它是一种人类的暂时认知经验，总是在不断地被修正和推翻。比如前一代的物理学家在分析物质的时候认为微尘存在最为细微的实体，但是后来很多物理学家就推翻了他们的观点，认为连微尘的细微部分也一点不能成立。又比如前一代的医学生理学家都认为，人的心识是从大脑中产生出来的，故现代医学以大脑死亡来确断一个人的死亡，但后来在世界上出现了一些没有大脑而仍然活着的人，还有一些医学家认为人的腹部神经有直觉思维的功能，所以现在为数不少的医学家也承认有一个中阴身。人类的研究成果，一代替换了一代，而佛陀抉择的空性和无我的规则，后来谁能推翻？

总而言之，科学家们得到的结论决不可能是完全正确，只能说是针对于目前所能观察到的事物范围内的某些现象，他们作了某一个层次上的比较适合的解释。超出了这个层次和范围，对于科学家们来说也只能说是假设臆测或者根本就是无知，如在我们这个复杂的世界上，由于不同众生的种种业力而显现的各种奇奇怪怪的现象，科学对于这方面的事例就是很难于解释的。又比如佛教中所讲的八种共同成就，也就是通过禅定修持有瑜珈修证的人，可以显示很多的神变，如入水不沉、自由飞行于天空，以及直接无碍地穿越巨石山崖等等，对于这些现象，科学家们也是没有办法解释，最多只是加上一个特异功能的名字而已。尤其是涉及到佛教密法中所讲的一些不共同特别殊胜的大成就，修行者连自己身体一点也不剩下，在七天之中全部化成虹光而消逝，科学家对此通过假设而推断出一些结论，比如是身体通过什么物质而产生发光现象，但这显然存在着许多漏洞，不深入研究佛学，他们是没有办法完全了知的。

在我们这个人类社会中，科学家还没有解决的问题非常多，比如说人类内心的痛苦和世间上的各种灾难，科学家也没有办法解除。而对于佛教中所说的人类精神或是心灵的奥妙，即使是对当今最著名的那些科学家来说，也是如堕云雾，难于明白其真相。

在广阔无边浩瀚的宇宙世界中，各种形形色色的现象无穷无尽，科学未知的事物数也数不清。即使在科学家们所熟悉的现象和研究领域内，虽然在当今科学昌明的时代，科学不能解释的也非常多。比如在1980年5月19日，美国有个叫新银歌兰的地方，在上午10点的时候，天空突然完全变成黑暗，就像被乌云整个笼罩一般暗无天日，直到第二天早上，但当时并未发生任何日食或其它什么原因，物理学家们虽然经过深入调查研究但仍迷惑不解。还有最近在印度中部有一个叫曼都那的地方，突然降下了很多珍珠雨，人们捡到这些珍珠后都戴在身上以作装饰品，当时新闻媒体也报道过，震动了有关方面，一些国家的天文学家、大气物理学家等很多专门学科的专家都对这事作了详细的观察研究，但始终找不到一个令公众满意的结论。另外世界上公认的也有好几大谜，直至今天科学界仍对它们一筹莫展。

英国著名的物理化学家法拉第曾经说过：科学不能完全解决一切事物的本相。科学不能解释的实在是太多太多，尤其是对于心灵的秘密就更是如盲如哑。因此世界上有一些科学家通过比较研究，也得出了佛教是非常了不起的结论。根据今日中国出版社出版的《三千大千世界——关于佛教宇宙观的对话》一书中所说，十六世纪的伟大科学家伽利略、经典力学的创始人牛顿、相对论的创始人爱因斯坦、著名动物学家阿加西斯等人都是虔诚信仰宗教的，在中国有物理学家黄念祖也是虔诚的佛教徒，电学家王季同笃信佛教，并著有《佛法与科学的比较研究》一书，另外有日本著名科学家松下真一，曾在德国汉堡国立理论物理研究所从事统一场论等研究工作达十余年，也著有《法华经与核子物理学》一书以盛赞佛教，又有西方著名物理学家卡普拉也著有关于《华严经》和现代物理学理论相比较研究方面的论著。