普宁寺大藏开雕时曾设立有大藏经局（见《大般若经》、《大宝积经》刊记），同时并刻有《般若》、《华严》、《宝积》、《大集》四大部（见至元十九年即一二八二《大般若经》卷一百八十六刊记）。现存《大般若经》刊记最早的年代是戊寅年（南宋祥兴元年，元至元十五年即一二七八年，见卷四百二十九刊记），实际开雕年代还要早几年，大约在南宋景炎年间（一二七六——七八），当时缁素们有鉴于碛砂延圣院刻藏事业于咸淳八年（一二七二）以后中断，因而就继续来发起重刻。

　　元至元十六年（一二八九）普宁寺大藏刻到微字函（见《中观释论》卷四刊记），大约不久，照思溪圆觉禅院版格式终于合字函《南本大般涅槃经》，就已全部完成，这距开雕之时，已经十几年了。

　　大德三年（一二九九）普宁寺比丘如莹从编排庋藏的便利上，曾将各经次第和分卷、分函等作了一番整理，另编了《杭州路余杭县白云宗南山大普宁寺大藏经目录》。在合字函以下，从济到感十函，还有《宗镜录》一百卷，当是仿照思溪法宝寺本补刻的（日本现存普宁寺版藏经都止于《宗镜录》）。另有从武到遵二十八函，是元代松江僧录管主八就大都弘法寺版藏经内，选取江南各版藏经所缺少的秘密经等数百卷，在杭州路募刻，作为江南各版藏经的补充部分。到大德十年（一三○六）才刻成（见碛砂藏遵字函《法宝标目》卷九题记。这部分经版后于至正二十三年即一三六三年，由管的儿子管辇真吃剌转施给碛砂延圣院），即随同普宁寺大藏流通，所以如莹《目录》后来也就补列进去。最后还补入约字函，收元沙啰巴译秘密经轨五种及《白云和尚初学记》、《正行集》等，但刻版年代无可考。

　　还有，在延祐四年到泰定元年之间（一三一七——二四）补刻有《景德传灯录》，这部分改编入振、缨、世三函。元统三年（一三三五）又补刻有新入藏的《天目中峰广录》，编为韩、弊、烦三函（见明永乐版翻刻本卷首题记）。这些都是普宁寺大藏刻成以后的变动。

　　此版印本，以前康有为曾藏有多卷，后归浙江王氏。日本东京增上寺、浅草寺等处有较为完整的全藏。

　　《普宁寺版藏经》的基本内容，同于思溪版。后来补充和改刻的部分，则和碛砂版互有影响。全藏依千字文编号计算，共五百九十一函，可区分为如次的十个部分：

　　一、《开元录》入藏经，约一千一百二部，四千七百三十二卷，四百八十函（千字文编号从天到英）。最后一函（英字函）收有《开元释教录略出》和《绍兴新雕大藏音》。

　　二、入藏著述一（《法苑珠林》），一百卷，十函（编号从杜到罗）。

　　三、宋代新译经一（从太平兴国七年到咸平二年即九八二——九九九年所译），一百八十一部，二百七十卷，二十函（编号从将到毂）。

　　四、入藏著述二（《景德传灯录》）三十卷，三函（编号振、缨、世）。

　　五、宋代新译经二（从咸平三年至熙宁间即一○○○——一○七七年间所译及《贞元录》续入藏经），一百四十二部，约三百三十八卷，二十八函（编号从禄到微；在这中间，刻字函杂入唐般若译《本生心地观经》一部，从伊到衡六函收《贞元录》入藏经，曲字函收唐、宋译密典）。

　　六、入藏著述三（《宋高僧传》）和补遗一（《南本大般涅槃经》），六十六卷，七函（编号从旦到合。以上六部分都和思溪圆觉禅院本相同）。

　　七、入藏著述四（《宗镜录》）一百卷，十函（编号从济到感，这和思溪法宝寺本及碛砂版相同）。

　　八、补遗二（秘密经等），约九十七部，三百十五卷，二十八函（编号从武到遵）。这一部分是江南闽浙各版藏经以前未曾收刻的密典等，本来没有详细目录，碛砂藏现存这一部分的印本也不完全，兹据后来依碛砂藏翻版的明代南藏初刻本约计。

　　九、补遗三（《传法正宗记》、《传法正宗定祖图》、《传法正宗论》、《辅教篇》），四部，十五卷，二函（编号约、法）。

　　十、补遗四（《天目中峰广录》），三十卷，三函（编号韩、弊、烦）。

　　以上十部分总计约一千五百三十二部、五千九百九十六卷。

　　普宁寺藏经的版式和思溪版大致相同，每版五页，每页六行，行十七字。在各版的第一页折缝处刻有函号和版号。

　　《普宁寺版藏经》原是仿照思溪版写刻的，但经如莹整理过的刻版，就和思溪原式有好多不同，后来碛砂藏依据它来完刻，因而也对原订的《端平目录》时有出入。从这些上，可见出普宁寺版藏经和思溪、碛砂两版的关系。