元代佛画遗存，除士大夫、僧人的卷轴图册之外，还有民间石窟、寺院壁画和雕版佛经及附图。元代喇嘛教流行，带来密宗壁画的创制。敦煌莫高窟中三窟、四六五窟元代壁画为其中保存较好、制作较精的典范作品。四六五窟壁画包括三面十二臂和六面十六臂欢喜佛形象，带有恐怖和神秘感。体现了藏传佛教画风格。元代西藏等地喇嘛教寺院里遍绘密宗壁画，还创制、收藏有“唐喀”，岁月沧桑，留存至今的极少。到明清时代，在喇嘛教流传地区继续有密宗艺术的创制，但声势却无法与元代相比了。另有山西稷山县兴化寺和洪洞县赵城镇广胜寺都残存有元代壁画，其中兴化寺《七佛图》等，为元代显教佛寺壁画北支民间画工首领朱好古及弟子张伯渊等绘于元成宗大德二年(1298)，该图保存较好，线条匀细流动，设色古朴。此外，据河南洛阳白马寺大德碑记载，民间画工马君祥曾于大德三年(1299)绘白马寺大佛壁画。这几位画工留下了名字，诚为难得。

　　雕版佛经也随着佛教的流布继续进行。宋末元初平江府陈湖碛砂(今属江苏吴县)延圣院刊《碛砂大藏经》陈升所绘的卷首图，大德二年(1298)刊印《圆悟禅师语录卷首图》，元文宗至顺二年(1331)嘉兴(今属浙江)顾逢祥等刊版《妙法莲华经卷首图》，元惠宗至元六年(1340)江陵(今属湖北)资福寺刊版《金刚经注插图》，都是元代佛教版画的精品，而且佛教文字的书写、刻作也十分精致可爱。其中《金刚经注插图》画无闷和尚在注解经文，图左上角刻有“无闷和尚注书处有灵芝”字样，颇富生活气息。同时，佛教“行轴”和长卷佛画也流传，例如今藏炎黄艺术馆的佚名作品《鬼子母揭钵图卷》就是。

　　有明一代，佛寺壁画不及宋、元，之所以如今各地都有一些明代佛教壁画残余，是因为明较宋、元要晚，壁画保存略多之故。其中较著名的有：山西稷山县青龙寺大殿、腰殿及伽蓝殿壁画《礼佛图》等，掺糅有道教内容，元末明初陆续绘制，署有画工姓名。北京西郊翠微山南麓法海禅寺壁画《帝释梵天图》等，风格典丽辉煌，带有皇家气派。河北获鹿县上京村毗卢寺后殿壁画是明代重修该寺时在前人基础上重绘或改绘的，其中《诸神行列图》杂有儒、道及历史人物，另有佛像菩萨、佛经故事画。天津蓟县独乐寺观音阁壁画亦为明代作品。四川蓬溪县宝梵寺(原名“罗汉院”)壁画有佛像、菩萨、罗汉像等。云南丽江纳西族自治县境内白沙琉璃殿、大宝积宫，芝山福国寺，大研镇皈依堂等寺院壁画处于喇嘛教传播地区，同时又是受汉族文化影响的地区。图画题材内容杂糅显教、密教乃至道教，画风大多融汇汉族绘画与藏画风格，体现出多民族共居的汉藏及纳西文化交汇地区的宗教艺术特征。明代佛寺绘画另一常见样式是卷轴佛画“行轴”，山西右玉县宝宁寺一堂明代“水陆画”中有佛教内容的六十一幅，值得重视。

　　明代为中国版画史上的繁盛时期，尤以明初、明末为双峰并峙，题材广泛，绘刻俱精，雕版佛经及单幅佛像也多有问世。然而相较于文学、戏剧刻本版画，佛教版画的数量仍然不多。其中明初有《地狱还报经插图》，明太祖洪武二十八年(1395)刊《妙法莲华经·观音普门品卷首图》，大约刊刻于明成祖永乐十八年(1420)上图下文类似文学连环画的《阿弥陀经》和明英宗正统五年(1440)内府版《正统藏卷首图》。明末有明神宗万历十七年(1589)武林版《经山藏卷首图》，明熹宗天启(1621-1627)间徽州版传为丁云鹏所绘《观音三十二变相》(绣像题句形式的组画)，徽州刻本新都慈仁斋版《楞严经卷首图》，还有明末版可作“水陆画”范本的《水陆道场神鬼像图》等等。有两点值得注意，一是这些佛教版画的作者有一些是当时闻名于世的士人画家，如丁云鹏、陈洪绶(曾绘版画稿本《地狱变相图》)；二是一些佛教题材文学刻本流行，实际上也宣传了戒恶劝善等佛教思想，比如万历十年(1582)徽州版《目连救母劝善戏文》和万历四十二年(1614)苏州版《西游记》。

　　清代民间佛画仍继续衰落，以壁画的情况为最严重。佛寺壁画于今可见且较有水平者有：山西浑源县永安寺壁画，供养人着清装；山西洪洞县赵城镇广胜寺上寺后大殿壁画，清世祖顺治十六年(1659)绘坐佛五十三尊等。不过屈指可数的几处。清代佛寺常对前代绘画及雕塑进行修复补绘或重绘重塑，但艺术水平普遍不如原作。“行轴”佛画继续绘制，画承明制，变化不大。山西太原崇善寺藏《佛传画》，浙江台州小明因寺曾藏清宣宗道光(1821-1850)间所绘佛像菩萨挂像四十幅，为其中较好的一些。世俗性成分的增多是清代佛教壁画、“行轴”的一个显著特点。

　　雕版佛教绘画题材、形式多样，一如明代。较有代表性的是：清世祖顺治八年(1651)徽州版《过去庄严劫千佛名经卷首图》，清圣祖康熙二十九年(1690)刊释大汕(号石濂)自绘的《石濂和尚集插图》，清世宗雍正十三年(1735)版《二十八经同函引首图》等。清末金陵(今江苏南京)刻经处由居士杨文会(字仁山)创立于清穆宗同治五年(1866)，乃是清末最大的刻经坊，除刻佛经外，亦刻单幅佛画，皆大幅，有《十八臂观音像》、《四十八臂观音像》、《西方极乐世界图》等近三十种，一些驰名当时画坛的艺术家，例如华嵒、沈瀛、赵松麓、张益和释开智，都参与过该处的佛画绘制。此刻经处还曾翻刻过乾隆版《造像量度经》，这原是藏传佛教造像工具书，对佛、菩萨、明王等面相的比例关系和描绘原则作了说明，利于各处佛像绘制。从乾隆间喇嘛寺壁画和刊刻之密宗佛画，以及一些显教壁画中，可见出受该书影响的痕迹。康雍乾年间(1662-1795)各地纂修刊印方志盛行，同时一些佛庙寺志得以刊行，如杭州《灵隐寺志》的插图就很精美。

　　从绘者身份来看，明清佛教壁画、“行轴”和版画绝大部分由民间画工完成。他们中一些人并非主攻释画，而是专职泥水作、油漆匠等，兼作壁画“行轴”，也有自营画店承包寺院绘事者。这些图画大多不署名款，少数如青龙寺壁画署郭思齐、刘鼎新、刘士通及其子刘存得、刘存让等姓名，康乾间一些寺院壁画署张文辉、王永吉、张太古等人姓名，为后人留下了研究民间画工情况的宝贵资料。这一时期也有少数画工因技艺精湛而被召入宫廷作画，或列名《明画录》、《书画鉴影》等著录。

　　西藏各地喇嘛寺院中今存不少壁画，例如拉萨布达拉宫多幅《跳神图》，大昭寺《布达拉宫晒佛图》，江孜白居寺《白居寺古寺图》，以及萨迦县萨迦南寺一些壁画等。留存至今的布绢佛画卷轴“唐喀”数量也很可观。这些密宗佛教绘画以清代的为多。而云南边陲傣族、布朗族等少数民族居住地区的“缅寺”(亦即佛寺)绘画，大多绘制于明清时代。其佛教乃是十三世纪传自缅甸、泰国等国的南传上座部小乘佛教，以壁画、布幡形式绘唯一的主尊释迦牟尼佛，另将傣族传说中人物“丢合明”和“郎妥落尼”加以神化画进佛画，分别作男、女身菩萨相。