万佛洞石窟地处西峰区西15公里的蒲河河川，五十年代修巴家咀水库，这座陇东文化宝库被淹没水底，变成我们无法直接看到的地下文物。万佛洞石窟位于北石窟寺上游，与北石窟寺遥相呼应，交映生辉。它在明清时期香火曾经盛极一时，据康熙三年（1664年）的《重修万佛洞碑记》中讲，“其祠枕昆仑，面泰岱，左控奇岚，右扶终南，德水逞祥，群山拱瑞，诚中土之福地，竺乾之胜概也。”

　　碑记中说，万佛洞石窟最初开凿于明朝嘉靖年间（1522-1566），当时有一位虔诚的叶姓信士因为“祷佛获效”，于是发心造像礼佛，开凿了白衣殿、三官殿、圣母殿、龙王殿等，被称做叶家寺。白衣殿供奉着龙王，三官殿尊奉天地水三神及十方阎君，圣母殿则供奉着三霄娘娘。从殿堂的名称及供主可以看出当时的佛教神道混合的倾向。明朝万历年间（1573-1620），僧人明鉴、明知、真怀、真玉等在叶家寺原来佛殿的基础上，创建了阿弥陀佛殿、药王殿、观音殿等，扩大了窟群的规模。万历十四年（1612年），真玉和如静等发心向佛，创建了禅堂三座，佛窟一座，将佛窟命名为万佛洞，后来人们便以此作为蒲河川中这一石窟群的名称。这项工程断断续续，持续了二十五年时间，耗费了大量的财力、人力。崇祯十年（1637年），洪承畴、左光先、曹变蛟等明朝将领追击李自成起义军来到庆阳，一度击败李自成。他们率军路过石窟时，乘幸游览了正在修造的窟区，捐资助造佛像，使这项工程得以竣工。碑记记载道：“崇祯之十载（1637）洪制台、曹总裁、赵总戎、左总戎路经其处，随喜而捐金资，以襄圣果，工已告竣。”时隔不久，农民起义卷土重来，纵横于陇东各地，百姓纷纷逃避战火，寺院无人供奉。万佛洞石窟的僧人也匆忙逃遁，致使万佛洞石窟十多年间“寺功沦野火荒烟”，许多佛像毁于兵燹，断垣残碑，随处可见。

　　顺治五年（1648年），清朝已经控制了陇东的局面，社会秩序趋于稳定，真玉、如静等返回佛寺，在一些官僚家属的大力捐助下，重塑佛像，补造金身，使各东窟面貌焕然一新，更显得庄严肃穆，《重修万佛洞碑记》中说：“佛国慈悲之景色，与庄严之法界。及其历诸刹，宛转层折，拾级而上，见其石宝咸豁，四楹高耸，内设佛像万尊，金花闪烁，宝色迷离，非复人间世，令人仰瞻之而思敬。”慕寿祺《重修镇原县志》中也说：“万佛寺，一名万佛洞，县东北七十里蒲河川，亦窍石为之者，金碧辉煌，工费巨万”

　　万佛洞石窟的开凿比北石窟寺晚一千多年，但它一经凿成，即有与北石窟寺平分秋色之势。青山绿水环绕其周围，佛殿依山雄立，与周围景色融为一体，成为蒲河川一道靓丽的文化景观：“若夫时而鸟啼朝霞，时而炊烟雨岫，时而香花莹如月，时而玉树映睾花。”万佛洞石窟的佛事及由此引发的庙会活动，声势也与北石窟寺不相上下。每年的二月十九日是佛教中观音菩萨的诞生日，这里进行重大的佛事活动，与之相伴举行庙会。庙会期间，游人香客熙熙攘攘，络绎不绝，“四方远近布散联络而来，朝礼者如归市，若男，若女，若士庶绅矜（缙），若商贾贸易，日以万计。”到这里游览佛寺，跟庙会，购买物品，会友遣兴成为远近民众经济、文化和民俗活动的重要组成部分。《重修万佛洞碑记》的碑文撰者不无自豪地将说：“是天下有三大道场，兼此而四矣。”这里显然是撰写者记忆之误，明清时期被世人津津乐道的是四大道场而不是三大道场。将万佛洞石窟与天下闻名的诸大道场并称，虽然不免有些夸张，但也确实从一定程度上反映了万佛洞石窟的盛况。