在敦煌石窟考古方面，除了上文提到樊锦诗的《敦煌石窟研究百年回顾与瞻望》、《关于敦煌石窟研究的几点思考》、马世长的《敦煌石窟考古的回顾与反思》之外，甘肃民族出版社出版了敦煌研究院编纂的《敦煌研究文集·敦煌石窟经变篇》、《敦煌研究文集·敦煌石窟考古篇》和《1994年敦煌学国际研讨会文集》之《石窟艺术卷·上、下》等论文集。敦煌研究院的学者还承担了《敦煌石窟全集》的编纂撰写任务，目前已由上海人民出版社、商务印书馆香港有限公司联合出版了多卷，如李永宁的卷3《本生因缘故事画卷》、贺世哲的卷7《法华经画卷》、殷光明的卷9《报恩经画卷》、孙修身的卷12《佛教东传故事画卷》、刘玉权的卷19《动物画卷》、谭蝉雪的卷25《民俗画卷》和马德的卷26《交通画卷》等，分专题对敦煌石窟中的壁画雕塑等进行了介绍，附有详细的图录介绍与概要的论述。马德还出版了由他主编的《敦煌石窟知识辞典》（甘肃人民美术出版社）一书。更为重要的是彭金章、王建军《敦煌莫高窟北区石窟(第一卷)》（文物出版社）的出版，莫高窟北区共有248个窟，大多为僧房窟、瘗窟，窟内很少有壁画。本书第一卷为北区第1至94窟的考古报告，并附有北区出土的多种少数民族文字如回鹘文、西夏文、藏文、叙利亚文文献的译释研究论文。沙武田《关于莫高窟第130窟窟前殿堂建筑遗址的时代问题--兼及"藏经洞"封闭的年代关系》（《敦煌学辑刊》1期）经过考证，认为莫高窟第130窟是宋代曹氏归义军末期曹宗寿主持兴建的大窟，该文进而对藏经洞的封闭时间在曹氏归义军晚期的说法又添一证据。他还发表了《莫高窟"三清宫"漫议》（《敦煌研究》2期）一文，对与王道士相关的下寺三清宫及上、中寺进行了考证。张先堂《唐宋时期敦煌天王堂寺、天王堂考》(《'98法门寺唐文化国际学术讨论会论文集》，陕西人民出版社)对流行于敦煌的毗沙门天王信仰进行考察，重点考证了与之相关的天王堂寺和天王堂。谢继胜《关于敦煌第465窟断代的几个问题》（《中国藏学》3期）、《关于敦煌第465窟断代的几个问题（续）》（《中国藏学》4期）对敦煌莫高窟北区第465窟的年代及其他相关问题作了专门的探究。关于北区洞窟，荣新江发表了《〈敦煌莫高窟北区石窟（第一卷）〉评介》（《敦煌研究》4期），对彭金章、王建军合作的新著《敦煌莫高窟北区石窟（第一卷）》作了评论，作者特别注意到北区出土的一批用多种语言文字书写的文献的价值，对它们作了详细的评价。另外，刘建华《中国佛教石窟寺考古五十年》(《中国考古学跨世纪的回顾与前瞻》，科学出版社)一文对敦煌石窟有专门的论述。殷光明出版了《北凉石塔研究》（台湾新竹财团法人觉风佛教艺术文化基金会）一书，利用酒泉、敦煌、吐鲁番等地出土的十余座北凉时期的石塔，对该石塔及其与之相关的一系列佛教重大问题进行了深刻细致的研究，具有重要的学术价值。本书分十一章，分别论述了北凉石塔的发现和诸塔概况、纪年塔的年号和年代、分期、造型来源和用途、发愿文、塔肩造像、塔腹经文、塔基造像、北凉石塔的造像特征和艺术、北凉石塔与河西早期石窟的关系等问题。

　　在敦煌壁画艺术方面，上海古籍出版社出版了《俄罗斯国立艾尔米塔什博物馆藏敦煌艺术品》Ⅳ，共收录了自北凉至元代543帧莫高窟洞内景图片，具有珍贵的文物价值。中山大学出版社出版的《艺术史研究》第2辑上刊载了3篇关于敦煌佛教图像学的研究论文，如金维诺的《吐蕃佛教图像与敦煌的藏传绘画遗存》结合敦煌石窟艺术与敦煌文书，对敦煌壁画、文书与吐蕃佛教图像的关系作了深入的研究，颇有新意；姜伯勤《敦煌白画中粟特神礻氏图像的再考察》运用了图像学的方法对敦煌白画中粟特神礻氏进行了分析，通过对达埃纳女神的图像特征、粟特娜娜女神的图像志、粟特及敦煌的娜娜信仰与白画中娜娜神图像等相关问题的深入研究，得出了一些重要的结论；王惠民《敦煌隋至唐前期药师图像考察》分上、下两篇对隋代、初盛唐时期的敦煌药师图像进行了系统考察，认为流传下来的药师图像和文献资料是我们了解隋代至西夏时期敦煌宗教信仰的宝贵资料。王惠民还发表了《武则天时期的密教美术》(《'98法门寺唐文化国际学术讨论会论文集》，陕西人民出版社)一文，用图像与文献相印证的方法，探讨了流行于武则天时期的各种密教观音造像，并考察此时期敦煌密教图像洞窟的时代特征及其意义。王泽庆、王茵《敦煌壁画中的唐僧取经图》(《美术观察》3期)探讨了敦煌石窟中出现的唐僧西行取经图，比《西游记》时代要早得多。沙武田在过去研究的基础上，又连续发表了关于敦煌壁画底稿的系列论文，《S.P.172与莫高窟五代宋窟顶壁画关系试论--敦煌壁画底稿研究之三》（《敦煌研究》3期）继其对金光明最胜王经变、弥勒下生经变等壁画底稿的研究之后，又对S.P.172白描稿进行了研究，认为该画稿是曹氏画院早期被改造用作设计绘制莫高窟第98、100、108等窟窟顶壁画的底稿，同时还探讨了其作为敦煌壁画底稿的一些特点。《S.P.76维摩诘经变稿试析--敦煌壁画底稿研究之四》（《敦煌研究》4期）认为S.P.76白描稿是敦煌壁画底稿《维摩诘经变稿》，此稿是莫高窟第98窟《维摩诘经变稿》的壁画底稿。胡戟《盛唐的莫高窟艺术》(《胡戟文存·隋唐历史卷》，中国社会科学出版社)介绍了盛唐时期莫高窟开凿的96个洞窟及其壁画的艺术价值。对敦煌净土变的研究也发表了两篇论文，日本学者山崎淑子《初唐敦煌莫高窟大幅净土变之建筑图--试论贞观时期和武则天时期莫高窟的某些特点》（《西北民族研究》1期）认为探讨莫高窟壁画在初唐时期发生变化的规律，在研究唐前期佛教艺术方面有着重要的意义。该文首先把第220窟和第335窟作为标准洞窟，探讨了贞观年间和武则天时期的洞窟造型特点，把初唐莫高窟壁画分为接近贞观年间或接近武则天时期的两大类，着重论述了反映在建筑图的画功特色，这对今后的相关研究的开展有着重要的基础意义。魏文捷翻译的英国学者龙安娜的论文《从净土图到纸花--敦煌藏经洞出土绘画材料的价值比较》（《敦煌研究》3期）则是对敦煌绢纸画净土图的研究，根据英国大英博物馆收藏的敦煌藏经洞出土的唐五代时期的绘画材料，认为其材料的选择并不相同，绢画印制精美，纸画较为廉价，这反映了不同社会等级的人们分别绘制不同的绘画。学者们还特别关注对敦煌艺术与外来艺术的比较研究，探讨敦煌艺术与粟特、印度等地艺术的关系。刘波《敦煌与阿姆河流派美术图案纹样比较研究》（《敦煌研究》3期）通过对敦煌联珠纹、忍冬纹、棕榈纹、莨苕纹、桃形纹、北魏刺绣纹与立兽等图象和阿姆河流派艺术进行了比较，讨论了敦煌美术装饰图案的外来影响问题。张惠明《敦煌五台山化现图早期底本的图象及其来源》（《敦煌研究》4期）研究认为，莫高窟第61窟的"五台山化现图"的底本来自中原，该文从莫高窟中唐时期的五台山化现屏风图内容比较、图象的来源、中原早期底本的文殊骑狮图像及其来源传说等，论述了该图早期的底本形式，特别是其图像的来源受到了粟特艺术的影响。李静杰所译的宫治昭《斯瓦特的八臂观音救难坐像浮雕--敦煌与印度的关系》（《敦煌研究》3期）一文介绍了"八臂观音救难坐像"浮雕很可能出自今巴基斯坦的斯瓦特地区，雕像中观音的像容及周围诸难救济的内容，表现了连接印度和敦煌佛教美术的特征，在美术史上具有重要的意义。马刚《南北朝时期敦煌壁画中的装饰手法》（《敦煌研究》3期）探讨了南北朝时期敦煌壁画中的装饰手法，认为这一时期的敦煌壁画，无论在章法结构、赋色渲染和造型处理等各个方面，都是在继承传统艺术的基础上，受西域民族文化和外来佛教艺术的影响，创造出具有独特的装饰艺术手法。张朋川《从敦煌写经和壁画看中国卷轴书画格式的起源和形成》(《文物》8期)刊用敦煌出土的写经与屏风式壁画等实物资料，上溯汉简，下连唐宋卷轴书画，对中国卷轴书画格式的起源和形成过程作了详尽系统的探讨。甘肃人民出版社同时推出了谢生保的4本关于敦煌壁画故事的通俗读物：《灵异圣迹--敦煌壁画史迹故事》、《今世果报--敦煌壁画因缘故事》、《前世善行--敦煌壁画本生故事》、《成佛之路--敦煌壁画佛传故事》，另外江苏古籍出版社出版了《敦煌图案摹本》，上海古籍出版社出版了《艺术的敦煌--吴健摄影集》。关于佛教美术考古方面本年度出版了杨泓的《汉唐美术考古与佛教艺术》（科学出版社）和巫鸿主编的《汉唐之间的宗教艺术与考古》（文物出版社）二书，其中收录了一些关于敦煌石窟考古与艺术研究的论文。李力《"汉唐之间的艺术与考古"国际学术合作项目及第一次研讨会纪要》(《文物》5期)介绍了这次在美国芝加哥大学举行的会议内容。马世长、李崇峰《北京大学与中国佛教考古》(《文化的馈赠：［1998］汉学研究国议会议论文集·考古学卷》，北京大学出版社)对北大佛教石窟考古的调查研究分三个阶段进行了介绍，其中敦煌石窟考古是一个重要的内容。还有学者研究敦煌乐舞艺术，考察了敦煌壁画中的乐器和敦煌文献中记载的舞谱。甘肃人民出版社出版了高金荣的专著《敦煌石窟乐舞艺术》。刘永增?quot;蝉折之笛"与所谓"义觜笛"、"异形笛"》（《敦煌研究》4期）对敦煌壁画中的横笛进行了考证，认为并非义觜笛或异形笛，而是蝉折之笛。庄壮《试论敦煌壁画音乐艺术的美学观》（《敦煌研究》4期）从音乐理论研究入手，从音乐对应排列、乐器造型多样、音色混合配置等多个角度，探讨了敦煌壁画音乐艺术中的美学观。贺小萍翻译日本学者水原渭江的《释北京图书馆藏敦煌舞谱残卷（No.820）的舞辞"皇"》（《敦煌研究》3期）一文，根据敦煌出土的一件舞谱残卷，考察了唐代民间流行的一种舞蹈"皇舞"，这是头戴神冠，身着鸟羽装束，按舞蹈节拍上下晃动权杖，或边跪踞、边上下摇动手掌的环舞。

　　郑汝中编纂了《敦煌写卷行草书法库》（甘肃人民美术出版社），同时还发表《行草书法与敦煌写卷》（《敦煌研究》4期）一文，结合敦煌写卷与楼兰纸质文书，探讨了行草书法的形成、演变与特征等问题。

　　为纪念藏经洞发现一百周年，总结敦煌石窟的文物保护工作，《敦煌研究》2000年第1期刊发了石窟保护专版。樊锦诗《敦煌莫高窟的保护与管理》对敦煌莫高窟的保存现状、敦煌研究院的保护工作进行了介绍，提出了六点体会。李最雄《敦煌石窟的保护现状和面临的任务》详细介绍了敦煌石窟保护研究工作的七大现状与今后工作的七大任务，对敦煌石窟保护与研究工作具有实际的指导意义。同期刊登的敦煌石窟保护论文还有孙儒亻间《回忆石窟保护工作》、汪万福等《敦煌莫高窟的风沙危害与防治研究》、石玉成等《敦煌莫高窟地震安全性评价》、袁道阳等《敦煌莫高窟地区断裂新活动特征及其对石窟的影响》、王进玉《敦煌石窟合成群青颜料的研究》、徐淑青等《莫高窟第85窟现状调查评估》、樊再轩《莫高窟第九十四窟病害壁画的修复报告》、张伯元《浅谈莫高窟石窟档案的编制》、李天健等《敦煌研究院保护所石窟档案管理系统的研制与应用》、李树若《榆林窟第六窟整修报告》、樊锦诗与李传珠合作的《锚索新技术在榆林窟岩体加固工程上的应用》、王旭东与李最雄合作的《安西榆林窟的岩土工程问题及防治对策》，以及刘刚等人所著的《莫高窟85窟气象环境的监测研究》、《敦煌壁画计算机存贮与再现系统的目标与实现》、《敦煌壁画计算机存贮与再现系统的平台建设》等论文，对莫高窟、榆林窟的防沙、防震、防治病害及岩土加固工程、石窟档案建设和计算机技术在壁画保护上的应用等提出了积极的防治对策。