魏晋以来，时局纷扰，传统儒学名教解体，名士避世弃儒，趋附老庄「以无为本」思想而蔚为风气，因其立意渺玄，故称「玄学」或「清谈」。当时佛教般若「性空」之学甚契此派「贵无」思想，又有学通儒道，博学多识的道安大师及弟子慧远等，有系统的融和、开展，故玄谈名士莫不以「般若性空」充实其学，或增清谈之资，佛教于焉深入士大夫阶层而迅速传播。

　　三国魏地的佛教以般若学及译经为主，朱士行曾于洛阳开讲《道行般若经》，并以「诸未尽善」而西行，求得《放光般若经》，可见此时对般若之学已有新的要求。在译事方面，特别重视戒律的译介，昙柯迦罗译有《僧祇戒心》、昙无谛译出《昙无德羯磨》，而开中国戒法的传承。

　　因避战祸，僧人多从北方来到南方，因此，吴代建业的佛教，多由关中、洛阳一带传入，如安世高、支谦等。安世高原为东汉末年译经高僧的代表，其行走路线正可显示佛教已由北渐向南传播。支谦汉文造诣很高，发扬支谶般若一系，译经甚多。其中《大明度无极经》乃《道行般若经》的同本异译，系内启两晋般若之学，外导六朝清玄之风的重要经典。吴地佛教另一位重要传播者为康僧会，乃佛教史上记载第一位自南(交趾)向北弘法的僧侣，曾学安世高禅数之学，最具代表的译着为《六度集经》，孙权为其建「建初寺」，乃江南佛寺之始。

　　西晋时代，佛教活动仍以译经为主，竺法护为当时的代表，所译经典有《光赞般若》、《维摩》、《宝积》、《涅盘》、《法华》等各部类经，对于大乘佛教的开展，影响甚钜。其中，《正法华经》的译介，使观音信仰普及于民间，为鸠摩罗什之前最著名的翻译家。

　　西晋末叶，北方五胡十六国纷乱，晋室偏安江左，称为「东晋」。于是中国分治南北二区。北方胡族受到佛教的影响，也大力提倡佛教。例如后赵时期，以佛图澄开启佛教的弘传最为重要。佛图澄以神通智能感化残暴嗜杀的石勒、石虎，佛法因而大行于华北，建寺八百九十所，受业门徒万计，重要者有道安、竺法雅等。

　　道安大师为前秦时代最重要的高僧，博学多闻，被视为当时北方学界的领袖。秦主苻坚延请他于长安主持译场，一时中外译家云集。道安大师在佛教史上有许多创举，如：1.提出「五失本、三不易」的译经理论，要求译经必「勿失厥义」以深达佛旨；2.为众经撰注作序；3.分经文为序分、正宗分、流通分三科，为此后译经者所宗；4.创编《综理众经目录》，开中国佛教史上佛经目录的先河；5.制订寺院清规及僧尼轨范；6.统一沙门同为「释」姓。另外，道安在教理思想方面，则以般若性空之义多有见地，创立「本无宗」，承其学者为慧远。

　　竺法雅以善用老庄等外学来理解般若义著称，此即所谓「以经中事数，拟配外书，而为生解之例」的「格义佛教」。

　　北方佛教到了后秦，由于鸠摩罗什东入长安(四○一)，而更加昌盛。罗什在后秦姚兴的护持下大兴译经事业，南北俊秀仰止云集，门生弟子三千，其中以道生、僧肇、僧睿、道融最为杰出，称为「什门四杰」。所译经籍种类遍于大小三藏教禅诸家，其中《大品般若经》、《中论》、《百论》、《十二门论》、《大智度论》，使得龙树般若性空之学至此文备义明，以之引正「六家」之偏，驳斥「格义」之迂。《成实论》、《阿弥陀经》、《十住毗婆沙论》、《金刚经》、《法华经》、《维摩经》等译着，文妙义精，流畅易读，为古今佛教各界所遵。后来以此诸经为基础而有三论、四论、成实学派的兴起，及天台、禅、净等诸宗的成立。罗什译业贡献之伟，为整个中国佛教史开创一个新纪元，被誉为中国四大翻译家之一。

　　南方东晋承继西晋文化，原在中原流行的玄学及般若学也随之南下。与道安同时，而在南方传教者有竺道潜与支道林，两者皆以擅讲般若而受到贵族士大夫的钦仰，为玄学式的贵族佛教及格义佛教的典型代表。尤其是支道林，着有《圣不辩知论》、《即色游玄论》等，创般若学的即色义，主张即色本空。时人评其学「不减王弼，比做向秀」。与谢安、王羲之、许询、殷浩等一代名流交游甚密。支道林之后，南方佛教中心即转为庐山的慧远。师博通六经，尤精老庄，听闻道安讲般若而出家。后以远避战乱而入庐山东林寺。师持戒严谨，为南方佛学领袖，当地名绅士学皆崇其行。曾迎佛驮跋陀罗、僧伽提婆等印度高僧入庐山译经，开启南方译经的风潮。应江州刺史桓玄之问，撰着《沙门不敬王者论》，明示出家法与在家法的不同，以化解当时佛教与中国礼法的扞格。又集僧俗一百二十三人同结白莲社，以《般舟三昧经》的禅观修行，期生西方净土，是禅净共修的初创者，后世尊为净土宗初祖。

　　慧远虽足不出山，然亲近者众，道生(曾北上长安受学于罗什门下)就是其中之一。道生孤明先发，以「佛性论」、「顿悟说」引起当时教界的辩论，尤其「一阐提皆得成佛」的主张，更被视为异端，而不见容于大众，直至北凉昙无谶所译北本《大般涅盘经》传入，获证同于佛说，时人方才惊服。道生所悟的思想对于后来的涅盘、天台、华严和禅等各宗都有深远的影响。

　　此外，建康的道场寺，也是著名的南方佛教重镇，以译经为主。佛驮跋陀罗、慧观、法显等，为当时驻锡译经的大家。

　　又这时期再度掀起西行求法的热潮，其中最著名的是法显。他在天竺参学十余年，携回《大般泥洹经》、《摩诃僧祇律》、《长阿含》等多部经典。法显在佛教史上不仅有崇高的地位，在我国留学史上的贡献也是影响千古。

　　两晋时期，因玄学风行全国，使般若学的研究也达到鼎盛，而有「六家七宗」各擅其胜之势。「般若」丰富了「玄学」的内涵，「玄学」也成为传播佛教教义的媒介，史称「格义佛教」。直至鸠摩罗什、僧肇等师徒的导正，终于形成中国佛教正统的风格。由于学风鼎盛，思潮自由，以及译经事业的隆盛，奠定了南北朝学派竞立的基础。