元世祖忽必烈特别崇信藏传佛教，尊之为国教，封有地位的喇嘛为国师，但对中土原有佛教仍采取保护态度，使佛教迅速发展。其后，每朝元帝都以巨款建造新寺，颁赐金银田户。当时有人估计，国家经费的三分之二用于佛教。至元二十八年（1291年）全国寺院四万二千余所，僧尼二十余万人。由于藏传佛教被元朝尊为国教，较之传统的禅宗、律宗等派更为兴盛，西藏地区的佛教艺术如塑像和装饰工艺也因之传入内地。

　　明代，喇嘛教虽在内地渐衰，但在藏族地区得到很大发展。十五世纪是西藏地区佛寺建筑的鼎盛期，以格鲁教派四大寺（甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺）的兴建为其标志。这四座寺院规模宏大，佛殿、经堂、喇嘛住宅等建筑物高低错落，形成壮观的建筑群。明代中期以后，在蒙古俺答汗的提倡下，藏传佛教（喇嘛教）迅速向青海、甘肃、四川等藏族地区及北方蒙古族地区传播，格鲁派寺院开始在这些地区出现，如著名的内蒙古呼和浩特市的大召、席力图召，以及土默特右旗的美岱召等。在建筑式样上，青海、甘肃、四川的藏传佛教寺庙受西藏影响较多，而内蒙古地区的寺庙则受内地建筑影响较大，形成了汉藏结合的建筑风格。

　　明代内地佛教仍以禅宗为盛。宋元时期禅宗的“五山十刹”主宰佛教，明代则有四大名山兴起取而代之，五台山为文殊的道场，普陀山为观音的道场，峨眉山为普贤的道场，九华山为地藏的道场。四山庙宇林立，规制恢宏，成为明代佛教建筑兴旺的标志。

　　明代佛寺总平面追求完美的轴线对称与深邃的空间层次，如原来的山门演化为前有金刚殿，后有天王殿，成了两进建筑；中轴线上佛殿增至二进或三进，如明南京天界寺有正佛殿、三圣殿、毗卢殿，三殿前后对应；山门内左右对称配置钟楼与鼓楼，佛殿前左右对称配置观音殿和轮藏殿等，都是明代佛寺布局的新特点。

　　砖拱建筑在明代佛教建筑中找到了发展的天地。由于《大藏经》屡次由皇家颁赐，藏经用的防火建筑成了一时的迫切需求，于是用砖拱建造的无梁殿建筑应运而兴。明代无梁殿遗留至今的还有十余处，著名的有南京灵谷寺无梁殿、太原永祚寺无梁殿、峨眉山万年寺无梁殿、五台山显通寺无梁殿、句容宝华山无梁殿、苏州开元寺无梁殿等。

　　道教建筑在元明时期也有所发展。现存建于元代的山西省芮城县永乐宫是道教建筑的重要遗例，宫中龙虎殿、三清殿、纯阳殿、重阳殿中的大面积壁画，精美绝伦，在中国绘画史上占有重要地位。明代的道教建筑则以永乐皇帝在湖北武当山所建的道教宫观群最为宏伟。

　　新疆地区一些少数民族信仰伊斯兰教。元明时期，伊斯兰教的礼拜寺、玛札（圣者之墓，穆斯林晋谒之所）等建筑先后兴建于新疆各地。穹顶技术和琉璃饰面技术在伊斯兰教建筑上得到广泛应用。元代遗存的玛札以伊犁霍城的秃忽鲁克·帖木尔汗玛札最有代表性（该玛札建于1363～1364年，是新疆第一位皈依伊斯兰教的蒙古汗陵墓）。建于公元1422年的喀什艾提尕清真寺是新疆最大的伊斯兰礼拜寺。而中原地区清真寺，有的在建筑平面式样、材料等方面受到汉式建筑的影响，因而具有汉式风格，如陕西西安化觉巷清真大寺。

　　综观元明时期的宗教建筑，其中不乏巧构和精致者。元代的北京居庸关云台，本是金刚宝塔的基座，但其造型稳重，跨街而踞，券洞外沿装饰呈孤形，洞内却是五边折角式，且用六种文字刻写佛经和浮雕佛像，令观者惊叹。元至正年间修建的山西五台县西关的广济寺，其大雄宝殿的檐柱头塑有鹿角兽头或独角兽头，颇为稀见。在建筑手法上，元代工匠也有独到之处，如山西洪洞广胜下寺山门的雨檐和前殿的大爬梁、人字梁，都不同一般，具有独创性。而与该寺一墙之隔的水神庙则是满墙元代壁画，内容没有天界的神秘，却充满人间生活气息。建于明代的飞虹塔矗立在广胜上寺的殿前，外型匀巧，通身镶嵌各种琉璃饰件，色泽绚丽。该寺的格子门窗更是明代小木作的佳作，是用预制的格子花穿组而成的。