一、管理机构

　　明洪武年间，设置道会司、僧会司。明成化年间，分别改为福宁州僧正司、道正司。明嘉靖、万历间，裁撤道正司、僧正司。清雍正年间，复置僧会司。所设司署均“给官不给禄”，不列编制。晚清时期，基督教、天主教传入，有关事务由县衙直接处理。民国时期，宗教事务先后属民政科、社会科管理。新中国成立后，先后由县政府文教、民政或县委宣传部等部门兼管。1978年，县委统战部配备宗教干部专管。1982年，成立县宗教事务局(简称宗教局)，为正科级常设机构。1990年，宗教局在编干部4人，其中局长1人，办公地点在县政府大院。

　　二、宗教事务管理

　　明清时期，僧、道司署主要督导佛、道教寺院宫观恪守清规戒律，任免各寺观住持，并报地方政府备案，督促寺观交纳赋税，审考应受戒僧尼，发放度牒(清乾隆年间始废官给度牒)，惩办僧道兴造妖妄。基督教、天主教传入后，受外国控制，政府无权过问。民国时期，宗教事务管理流于形式。仅民国21年(1932年)，对作元、培德小学在教学中渗透宗教活动，予以取消立案，迫使教会放弃宗教必修科才获重新立案。

　　新中国成立后，政府依法管理宗教事务。宗教事务机关按照“自治、自养、自传”，独立自主、自办教会的原则，协助建立各宗教组织。对宗教团体领导人、堂会会长(负责人)、执事和寺庵住持的配备，以及培养宗教骨干人员，进行必要的审查。依法废除童僧，禁止接引未成年人受洗入教。中共十一届三中全会后，按照国家宗教政策，要求宗教组织在规定的宗教活动场所举行活动。对清末传入而长期受外地斋教控制的先天、龙华道进行教育改造，全部归入佛教。对继续与罗马教廷保持联系或受境外宗教势力支配的宗教组织，依法予以限制或取缔。1982年，受境外邪教“呼喊派”影响，松城、州洋、三沙、盐田、龟山、北礵等地，有千余名基督徒聚会处信徒受骗参加非法宗教活动。1983年，县人民政府作出决定，取缔“呼喊派”邪教组织，引导受骗信徒走爱国爱教道路。同时，贯彻落实中共的宗教政策，对“文化大革命”中造成的宗教界人士的冤假错案进行复查，为10名基督教人士落实政策，予以平反。对“大跃进”、“文化大革命”期间被占用或出卖、拆除、改建的宗教活动堂点、寺庵进行清理、落实，动员有关单位退还基督教堂25所，补偿被出卖的1所(价款14.6万元)；退还天主教堂7所半、店屋2间，补偿被改建的1所(价款5万元)；退还佛教寺庵26所，补偿被改建的1所(价款2万元)。1982～1990年，还审查、上报批准对外开放基督教堂点21所、佛教寺庵10所。

　　三、组织参政议政

　　新中国成立后，宗教界人士享有广泛的参政议政权利。1951年起，地方政府重视吸收宗教界爱国爱教知名人士参加地方政事活动。县人民代表大会每届选举宗教界代表1～3人，县政协每届吸收宗教界人士2～5人担任委员。至1990年，宗教界人士担任县人民代表大会代表共12人次，其中佛教代表6人次，基督教代表6人次；担任县政协委员20人次，其中佛教委员7人次，基督教委员13人次。