明永乐十年(1412年)，明成祖朱棣以报答太祖朱元璋和马皇后养育之恩为名，下令在聚宝门(今中华门)外长干桥东南宋天禧寺旧址上建报恩寺和琉璃塔。此项工程动用军匠役夫10万人，历时19年，至宣德六年(1431年)建成报恩寺塔，全部工程才竣工。塔八面九级，外壁用白瓷砖，每层的覆瓦拱门均用五色琉璃构件砌成。该塔堪称当时世界上建筑奇迹。

　　关于朱棣建造大报恩寺塔的动机，有多种说法。一是朱棣自己说是为纪念太祖和马皇后；二是明清文人笔记小说中说是成祖为纪念其生母碽妃；三是后人研究认为：成祖建塔的主要目的是为超度在“靖难”之役中丧生军民的亡灵。

　　明成祖登位后主持修纂的《明太祖实录》，以及清人以该实录史料为主要依据的《明史》，都说朱棣是马皇后所生，他有三个哥哥，即太子朱标、秦王朱挟、晋王朱桐，朱棣排行第四，还有一个弟弟周王朱柿，他们的生母都是正宫马娘娘。可是，明清时期文人笔记的材料却说朱棣的生母是碽妃。相传，南京明孝陵享殿中供奉太祖朱元璋和他的妻妾序位排列，除太祖与马皇后正面而坐外，在东面西向的有李淑妃等20多位，而西面东向的只有碽妃一人。于是，有人认为：朱棣当了皇帝，为着将自己说成是正宫娘娘所生，故不得不在公开场合认他人之母为母，而把自己的生母碽妃隐瞒起来；但是祭享她们的时候，又偷偷给生母与众妃不同的待遇，以使生母在冥冥之中悄悄领会“母以子贵”的殊荣。成祖虽为碽妃所生，但在封建时代皇位嫡传，为着自己皇位的体面与政权安稳，想方设法抹掉生母的痕迹，所以，后人就很难找到有关硕妃的史料。碽妃可能来自元朝后宫，是蒙古人或者高丽人，相传因她未足月生下朱棣，被太祖处以：“铁裙”之刑折磨致死。

　　洪武三十一年(1398年)闰五月初十日，明太祖病逝。太子朱标已在洪武二十五年病故，按皇家规矩由皇太孙朱允炆继承皇位，史称建文帝。建文帝与燕王朱棣之间为争夺皇位爆发了一场战争，史称“靖难”之役。

　　明太祖将自己的儿子们分封到各地为王，帮助皇帝治理天下。燕王朱棣曾指挥明军，沉重打击元朝的残余力量，并不断增强了自己的军事实力。南京朝廷的兵部尚书齐泰，太常侍卿、翰林学士黄子澄建议建文帝削藩，即削弱诸王的权力，建文帝先后下令废周王、湘王、代王、齐王、岷王为庶人。同时，调兵遣将，防御燕王出师反叛。燕王见周王等诸王被废，知道下一步要轮到自己了。燕王也广招兵卒，选拔将帅，罗致贤才，操练兵马，打铸兵器。这时，双方交战已处于一触即发之中。

　　建文元年(1399年)六月，朱棣以“清君侧”(即讨伐奸臣齐泰、黄子澄等人)为名，宣布起兵，他称自己的部队为“靖难”之师，这次战争被称为“靖难”之役。建文帝先后派大将军秋炳文、李景隆统领数十万部队与燕军在河北、山东一带对阵，但都劳师无功。燕军南进，节节胜利，建文四年(1402年)，朱棣的燕军渡过长江，人金川门，建文帝被迫举火自焚，紫禁城一片火海。明朝江山，幸好没有发生太祖所担心的“外人窥觑，英雄乘此得志”的那种情况，算是没有改名换姓，只是叔叔代替侄儿做了皇帝。

　　永乐十年(1412年)，即朱棣即位的第十个年头，此时，政权已经巩固，天下太平。处理政事之余，他不免回忆起往事，自己为着登上皇帝宝座，发动“靖难”之役，战争使数十万人丧生。尤其是那位儒雅的侄儿允坟，在燕王起兵造反后，派出大军征讨时，下了一道诏命，要求临阵诸将“毋使朕负杀叔父名”，正因有了此令，燕王在东昌被困，燕军3万人被乱箭射死，却没有人敢加矢于皇四叔，燕王才得以乘机逃脱，重整旗鼓，打败帝师。身居皇位的侄儿不杀叔父，反之，四叔为夺得皇帝宝座，却逼得侄儿葬身火海。朱棣深感愧对允蚊，愧对数十万死去的军民。作为一个封建帝王，成祖难免相信佛教的因果报应，为减轻自己在“靖难”之役中的罪过，超度战争中的亡灵，他诏令工部“造九级琉璃塔，额大报恩寺”。

　　历时19年始建成的大报恩寺及报恩寺塔，为明初南京的标志性建筑物。大报恩寺与灵谷寺、天界寺并为南京最大的三大寺之一，统领附近的次大刹二个、中刹十四个。报恩寺的范围，东自今晨光机器厂，西到雨花路；南自雨花台下起，北抵秦淮河边，周围九里十三步，民间有“骑马关山门，九里十三步”的说法。主要建筑有金刚殿、香河桥、天王殿、大雄宝殿、琉璃塔、观音殿、法堂等。琉璃塔位于这组建筑的北部，南半部是僧房和禅堂，禅堂后有唐三藏石塔。寺内的大雄宝殿和天王殿，都用白石作台基，雕刻精细的花纹。台基上的殿宇极其壮丽，如同皇宫的宫殿一般。大雄宝殿俗称“碽妃殿”，每年由礼部按时祭祀。寺中有僧众500多人，其中148房的和尚擅长佛学。明成祖诏令报恩寺雕版印刷5000卷以上的佛经，并建有藏经前殿、藏经殿和贮经廊以保存这批佛经。寺内还栽种着郑和下“西洋”从国外带回来的“五谷树”、“婆罗树”等奇花异草。

　　大报恩寺塔位于大雄宝殿即所谓硕妃殿之后，今地名叫“宝塔根”。报恩寺塔的平面为八角形，高九层，底层为副阶周匝，周长40寻，按古制l寻为8尺，计32丈。塔的高度，据《金陵梵刹志》记载，从地面至宝珠顶为24丈6尺1寸9分，合78．02米。

　　塔身为砖砌承重，有塔心室，楼梯绕心室而上，越往上，塔身越小，楼梯也越陡。塔的各层内部有青绿藻井，内壁满布佛龛。塔的外表为八面开门，四实四虚，隔层错开。底层的四周镌四天王金刚护法神像；门的两边开窗，窗边缦以陀优钵昙花；二层至九层各有平座，朱红色的琉璃栏杆；屋顶为绿色琉璃瓦顶，檐下为青绿斗拱，层层叠起。九级以上，是塔刹，下部有覆莲缽，铁质，外表是“黄金风波铜”，实质是黄金镀层。塔顶盘上的铁圈9个，即所谓9级“相轮”，顶上镇黄金宝珠。从塔顶挂下铁索八条，各垂风铃9个，共72个，每层的飞檐下也有风铃共80个，全塔合计有风铃152个。又放置油灯146盏，选派100名少年日夜轮值点灯，使之昼夜长明，号称“长明灯”。据说，油灯的灯芯、直径有1寸左右，每昼夜耗油64斤，白天金碧照耀天际，夜间光焰十里可见。

　　报恩塔的外壁用白瓷砖砌建，用黄、绿、红、白、黑五色琉璃贴面，塔身上下有金刚佛像万千，拱门边有狮子、白象、飞天、飞羊等形象的构件砌成，形象生动，色彩绚丽，为前所未见。

　　明成祖极其重视报恩寺和琉璃塔的兴建，该工程所费钱粮合白银248．5万两，郑和下西洋回国后结余的100万两银子也用于建塔。当时参观过南京大报恩寺塔的外国商人和传教士，都认为该塔为中世纪世界建筑奇迹之一。

　　清咸丰六年(1856年)，大报恩寺及塔均毁于兵火。仅存敕建大报恩寺碑一座和塔上的铁制覆莲钵。抗日战争期间，铸有12方位花纹的覆莲缽又被日军劫去。近年来，有人建议有关部门重建大报恩寺塔，如果此议能被采纳，南京人和来宁旅游者将能一睹中古时期世界建筑奇迹——大报恩寺塔的巍巍雄姿。