随着战事的扩大，国府迁渝，重庆成为了抗战大后方的政治经济文化中心，中国佛教的领袖人物太虚法师以其人间佛教理念呼吁后方寺僧秉持入世救世的菩萨行精神，同心协力，投身于全民抗战之中，这样继上海之后，地处后方的重庆，成都，云南等地寺院及地方佛教组织先后成立了佛教僧侣救护队；根据佛教自身的特点，同时为实现二期抗建时“军事第一，胜利第一”的目标，广大内迁佛教界僧众发扬大慈悲大无畏之精神，在大后方广泛开展各种后勤服务工作，如救护伤病，掩埋尸体，收容救济难民，运送战备物资等。

　　1937年7月，太虚法师于重庆北碚缙云山组织汉藏教理院学僧成立了防护训练队，实施军事防护训练，后参与陪都空袭救济工作，为了安置从前方各地避难而来的佛教僧众，1938年，太虚在重庆江北塔坪寺设立了尼众避难林，收容入川尼众；同时为了及时救助伤病，1942年3月，太虚和觉通法师等于慈云寺成立了“佛教中医慈济院”，并筹设“佛慈药厂”。

　　抗战初期在太虚协助下于汉口成立的佛教正信会救护队在武汉沦陷之后，队员转赴西安参与心道法师领导的西北战地流动服务团，并于1939年春，由西北行营批准改组为“陕西佛教抗战救亡救护队”，其队员先后奔赴山西中条山，潼关，华阴三个伤兵集中营进行战地医疗救护工作。

　　1939年2月，日寇轰炸贵阳，贵州省佛教协会聘请远在昆明的休园法师赶赴贵阳，在黔明寺办理战时僧尼训练班，旨在为全省抗日宣传活动培养一批德才兼备的中青年僧尼骨干，同时在黔明寺方丈广妙法师的主持下，贵阳各地寺庙组织了一支临时救护队，主要参与贵阳地区的难民救济工作。

　　1939年前后，随着抗战进程的进一步推进，重庆接连遭受日寇轰炸，市内一些佛教寺院长安寺，罗汉寺，能仁寺等皆被炸毁，鉴于此，曾参加过上海僧侣救护队的乐观法师在重庆慈云寺与方丈澄一，监寺觉通在1940年3月正式成立慈云寺僧侣救护队，与当时大轰炸时期中央赈济委员会和空袭救济联合办事处相辅而行，该救护队由狮子山一百二十名青壮僧伽组成，分为四个小分队，在参与了短期的医护，军事，政治常识培训后，在重庆“五三”“五四”轰炸时期投入空袭救助工作，他们每月经费三百多元完全由该寺法事收入中抽取，不曾有政府津贴，也不曾向佛教团体募捐，时人称其为“菩萨兵”。后经统计，从1940年至1941年两年中救死扶伤人数达三千余人。以乐观法师领导的慈云寺僧侣救护队以救护灾民，成就卓越，受到了国民政府明令嘉奖，特别颁发“青天白日”奖章36枚，《新民报》发文“脱了袈裟换战袍”，鼓励民众“向和尚看齐”；《佛化新闻》头刊头条刊发了“向僧侣救护队致敬”一文，详细介绍了乐观法师等人的英勇事迹。后由于慈云寺僧侣救护队工作范围仅限于重庆江北南岸一带，随着救护范围的扩大，1940年7月在慈云寺寺僧的影响下和中央社会部的号召下，重庆地区先后又组织成立了江北佛教会僧众救护队和华岩寺僧众救护队，这样陪都僧侣救护队在空袭服务总队部的带领下，形成了统一健全的僧众救护组织，有力地保障了重庆地区救护工作的顺利开展，重庆僧侣救护队工作了5年，一直到日本投降，抗战胜利，才回到寺庙继续农禅生活。

　　1943年12月，国府征募驻印远征军运输队，要求各界青年参加出国服务，乐观领导的陪都僧侣救护队主动请缨，结果有二十二人通过考核，当时国府规定参加出国服务人员，每人有五千元的安家费，而救护队员皆出家僧人，无家室牵累，他们“视人如己，以国为家”，没有领受这笔钱财，出国之前，还于佛前庄严宣誓，立下军令状，出国后，他们再次积极地在前线工作，受到驻印国军的一致好评。1944年5月，随中国远征军赴缅甸作战时，在密支那战役中，印宏，圣亮，光华三位僧人以身殉国，而余下僧众队员仍于缅甸前方服役，据其在给乐观来信中讲“国军一日不撤，我们也是一日不返的。”足见其对国家的一片赤诚忠心。

　　在抗战最艰苦的岁月里，中国失去了获得外援的重要国际通道，古老的康藏印驿运线又发挥了它的特殊作用，有资料表明，这条驿运线上经常有驮马3万多头往返，每月由印度运出物资约4千驮，折合240吨，如此计算，每年可运物资3千吨（单程），在这些来回穿梭的马帮中，许多是西藏寺庙派出的僧侣，他们不畏艰险，长途跋涉，给大后方运送了大批物资，支援了抗战。